Dit is de opdracht bp_run_protdist.plp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
run_neighbor - voer Phylip's 'protdist'-programma uit via Bioperl
KORTE INHOUD
run_protdist [-i invoerbestand] [-o uitvoerbestandsnaam]
PRODUCTBESCHRIJVING
Zorg voor een uitlijningsbestand waarop protdist kan worden uitgevoerd. Het bestand moet de naam .aln of .phy hebben.
Dit is nodig zodat we kunnen bepalen of we een clusteralw-uitlijning moeten omzetten in
phylip. U bent van harte welkom om het script uit te breiden zodat het kan werken met andere MSA-formaten die bioperl
ondersteunt. Dit is bedoeld voor gebruik in zeer eenvoudige handmatige pijpleidingen.
Het invoerbestand moet de naam file.phy of file.aln hebben. Het programma verwacht een
bestand in de vorm van (\S+)\.(\S+).
Hierdoor wordt de applicatie 'protdist' uitgevoerd met behulp van de 'KIMURA'-formule om een eiwit te bouwen
afstandsmatrix. Degenen met phylip3.6 zullen enkele wijzigingen willen aanbrengen als ze het willen gebruiken
JTT. Ik help je graag om dit toe te voegen als een cmd-regelargument als daarom wordt gevraagd.
Gebruik bp_run_protdist.plp online met behulp van onworks.net-services