cleanasn - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

cleanasn - ruim onregelmatigheden op in NCBI ASN.1-objecten

KORTE INHOUD

schoon [-] [-A bestandsnaam] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L bestandsnaam] [-M bestandsnaam]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i bestandsnaam] [-j bestandsnaam] [-k bestandsnaam] [-m str] [-n pad]
[-o bestandsnaam] [-p pad] [-q pad] [-r pad] [-v pad] [-x ext]

PRODUCTBESCHRIJVING

schoon is een hulpprogramma om onregelmatigheden in NCBI ASN.1-objecten op te ruimen.

OPTIES

Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.

- Gebruiksbericht afdrukken

-A bestandsnaam
Toetredingslijstbestand

-C str Volgordebewerkingen, volgens de vlaggen in str:
c Comprimeren
d Decomprimeren
v Virtuele openingen binnen gesegmenteerde reeks
s Gesegmenteerde set converteren naar deltareeks

-D str Ruim descriptors op, volgens de vlaggen in str:
t Titel verwijderen
c Reactie verwijderen
n Verwijder de Nuc-Prot Set-titel
e Verwijder de titel Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Verwijder de mRNA-titel
p Verwijder Eiwit titel

-F str Opschoningsfuncties, volgens de vlaggen in str:
u Verwijder gebruikersobjecten
d Verwijder db_xrefs
e Verwijderen /bewijs en /gevolgtrekking
r Verwijder overtollige gene-xref's
f Vermijd dubbele functies
k Pakketcoderingsregio of onderdelenfuncties
z EG-nummers verwijderen of bijwerken

-K str Voer een algemene opruiming uit, volgens de vlaggen in str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (via een extern hulpprogramma)
s SeriousSeqEntryCleanup
gGpipeSeqEntryCleanup
n Normaliseer de descriptorvolgorde
u Verwijder NcbiCleanup-gebruikersobjecten
c Synchroniseer genetische codes
d Hersynchroniseer CDS-partialen
m Synchroniseer mRNA-gedeelten opnieuw
t Hersynchroniseer gedeeltelijke peptiden
a Pas de consensussplitsing aan
i Promoot naar "slechtste" Seq-ID

-L bestandsnaam
Logbestand

-M bestandsnaam
Macro-bestand

-N str Koppelingen opschonen, volgens de vlaggen in str:
o Koppel CDS-mRNA door overlapping
p Koppel CDS-mRNA per product
Functie-ID's opnieuw toewijzen
f Los ontbrekende wederzijdse functie-ID's op
c Functie-ID's wissen

-P Publicatie mogelijkheden:
a Verwijder alle publicaties
s Serienummer verwijderen
f Verwijder figuur, nummering en naam
r Opmerking verwijderen
u Update PMID-only publicatie
# Vervang ongepubliceerd door PMID

-Q str Rapport:
c Aantal records
r ASN.1 BSEC-rapport
s ASN.1 SSEC-rapport
n NORM versus SSEC-rapport
e PopPhyMutEco AutoDef-rapport
o Overlappingsrapport
l Breedtegraad-lengtegraad landverschil
d Registreer SSEC-verschillen
g GenBank SSEC verschil
f asn2gb/asn2flat diff
h Seg-naar-delta GenBank verschil
v Validator SSEC-versch
m Gen/RNA/PCR moderniseren
u Niet-gepubliceerde pub-zoekopdracht
p Gepubliceerde pub opzoeken
j Niet-geïndexeerd journaalrapport
x Aangepaste scan

-R Op afstand ophalen van ID (NCBI-reeksdatabases)

-S str Selectief verschilfilter (hoofdletters overslaan)
s SSEC
bBSEC
Een auteur
p Publicatie
l Locatie
r-RNA
q Sorteervolgorde van kwalificaties
g Genbank-blok
k Pakket CdRegion of onderdelenfuncties
m Publicatie verplaatsen
o Dubbele Bioseq-publicatie achterlaten
d Automatische definitielijn
e Pop/Phy/Mut/Eco Stel definitielijn in

-T Taxonomie opzoeken

-U str Moderniseer, volgens de vlaggen in str:
g Genen
r-RNA
p PCR-primers

-V str Functies verwijderen op basis van de ernst van de validator:
r Afwijzen
e Fout
wWaarschuwing
ik Info

-X str Diverse opties, per stuk:
d Automatische definitielijn
e Pop/Phy/Mut/Eco Stel definitielijn in
n NC-titel instantiëren
m Direct NM-titels maken
x Speciale XM-titels
p Eiwittitels instantiëren
c Maak mRNA's voor coderende sequenties
f Herstel wederzijdse protein_id/transcript_id

-Z str Verwijder het aangegeven gebruikersobject

-a str ASN.1-type
a Willekeurig (standaard)
e Seq-invoer
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-verzenden
t Batchverwerking [String]

-b Invoer ASN.1 is binair

-c Ingang ASN.1 is gecomprimeerd

-d str Brondatabase
a Willekeurig (standaard)
g GenBank
de EMBL
dDDBJ
b EMBL of DDBJ
r RefSeq
nNCBI
v Alleen gesegmenteerde reeksen
w Sluit gesegmenteerde reeksen uit
x Exclusief EMBL/DDBJ
y Exclusief gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Subtekenreeksfilter

-i bestandsnaam
Enkel invoerbestand (standaard ingesteld op stdin)

-j bestandsnaam
Eerste bestandsnaam

-k bestandsnaam
Laatste bestandsnaam

-m str Flatfile-modus:
r Vrijgeven
e Entrez
s Pailletten
d dumpen

-n pad
asn2plat uitvoerbaar (standaard is /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o bestandsnaam
Enkel uitvoerbestand (standaard ingesteld op stdout)

-p pad
Verwerk alle overeenkomende bestanden in pad

-q pad
ffdiff uitvoerbaar (standaard is /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r pad
Pad voor resultaten

-v pad
asnval uitvoerbaar (standaard is /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Achtervoegsel voor bestandsselectie voor gebruik met -p (standaard op .ent)

Gebruik cleanasn online met behulp van onworks.net-services