EngelsFransSpaans

Ad


OnWorks-favicon

convert_project - Online in de cloud

Voer convert_project uit in de gratis hostingprovider van OnWorks via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is het commando convert_project dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


convert_project - converteer assemblage- en sequencing-bestandstypen

PRODUCTBESCHRIJVING


Dit programma maakt deel uit van het MIRA-assemblerpakket. Het wordt gebruikt om projectbestanden te converteren
typen in andere typen. Bekijk de onderstaande documentatie voor meer informatie
informatie over convert_project.

KORTE INHOUD


convert_project
[-F ] [-T [-T ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {inbestand} {uitbestand} [ ...]

OPTIES


-f
laad dit type projectbestanden, waarbij fromtype is:

caf een complete montage of enkele sequenties van CAF

maf een complete assemblage of enkele sequenties van CAF

fasta-reeksen uit een FASTA-bestand

fastq-reeksen uit een FASTQ-bestand

gbf-reeksen uit een GBF-bestand

PhD-reeksen uit een PHD-bestand

fofnexp
sequenties in EXP-bestanden uit bestand met bestandsnamen

-t
schrijf de sequenties/assemblage naar dit type (meerdere vermeldingen van -t zijn toegestaan):

aassequenties of volledige montage naar ACE

caf-sequenties of volledige montage naar CAF

maf-sequenties of volledige montage naar MAF

sam complete montage naar SAM

samnbb zoals hierboven, maar zonder referentie (backbones) bij het in kaart brengen van assemblages

gbf-sequenties of consensus met GBF

gff3-consensus voor GFF3

dekkingsinformatie voor pruikmontage naar wiggle-bestand

gcwig assembly gc inhoudsinfo om het bestand te wiebelen

fasta-reeksen of consensus naar FASTA-bestand (kwaliteiten voor

.kwaliteit)

fastq-reeksen of consensus naar FASTQ-bestand

exp-reeksen of volledige montage naar EXP-bestanden in

mappen. Complete samenstellingen zijn geschikt voor gap4-import als gerichte assemblage.
Let op: het gebruik van caf2gap om in gap4 te importeren wordt echter aanbevolen

tekst complete montage naar tekstuitlijning (alleen wanneer -f is

café, maf of gbf)

html volledige montage naar HTML (alleen wanneer -f is café, maf of

gf)

tcs complete montage op tcs

hsnp-omgeving van SNP-tags (SROc, SAOc, SIOc) naar HTML (alleen wanneer -f is café, maf of
gf)

asnp-analyse van SNP-tags (alleen wanneer -f is café, maf of gbf)

cstats contig-statistiekbestand zoals van MIRA (alleen als de bron contigs bevat)

crlist contig leeslijstbestand zoals van MIRA (alleen als de bron contigs bevat)

gemaskerdevasten
leest waar de sequencing-vector wordt gemaskeerd (met X) naar FASTA-bestand (kwaliteiten naar
.kwaliteit)

scaf-sequenties of volledige montage tot enkele sequenties CAF

-a Toevoegen aan doelbestanden in plaats van herschrijven

-A
Tekenreeks met te parseren MIRA-parameters Handig bij het instellen van parameters die van invloed zijn
consensusoproep zoals -CO:mrpg enz. Bijv.: -a "454_INSTELLINGEN -CO:mrpg=3"

-b Blinde gegevens Vervangt alle basen in reads/contigs door een 'c'

-C Voer harde clip-to-reads uit. Bij het lezen van formaten die clipping points definiëren, zal dat wel het geval zijn

sla alleen het niet-geknipte deel op in het resultaatbestand.

Geldt alleen voor bestanden/formaten die geen

contigs.

-d Verwijder kolommen met alleen gaten. Wanneer de uitvoer contigs is: verwijder kolommen die dat wel zijn

volledig gaten (zoals na het verwijderen van leesbewerkingen tijdens het bewerken in gap4 of iets dergelijks)

Wanneer de uitvoer wordt gelezen: verwijder hiaten in leesbewerkingen

-F Filter om groepen te lezen Speciale use case, nog niet gebruiken.

-m Maak contigs (alleen voor -t = caf of maf) Encase single leest als contig singlets in
het CAF/MAF-bestand.

-n
indien gegeven, selecteert alleen reads of contigs die bij naam in dat bestand worden gegeven.

-i wanneer -n wordt gebruikt, keert de selectie om

-o fastq kwaliteit Offset (alleen voor -f = 'fastq') Offset van kwaliteitswaarden in FASTQ
bestand. De standaardwaarde 0 probeert automatisch te herkennen.

-Q
Stel de standaardkwaliteit in voor bases in bestandstypen zonder kwaliteitswaarden. Doe dat bovendien
niet stoppen als bestanden van verwachte kwaliteit ontbreken (bijv. '.fasta')

-R
Hernoem contigs/singlets/reads met de gegeven naamreeks waaraan een teller is
toegevoegd. Bekende bug: er worden dubbele namen aangemaakt als deze worden ingevoerd

bevat zowel contigs/singlets als gratis reads, dwz reads niet in contigs nor
onderhemden.

-S
(naam)Schema voor het hernoemen van reads, belangrijk voor gepaarde uiteinden. Alleen 'solexa' is dat
momenteel ondersteund.

De volgend schakelaars werk Slechts wanneer invoer (CAF or MAF) bevat contigs.
Let op: CAF en MAf kunnen ook alleen maar reads bevatten.

-M Extraheer geen contigs (of hun consensus), maar de volgorde van de reads die ze zijn
bestaande uit.

-N
als -n, maar sorteert uitvoer volgens de volgorde in het bestand.

-r [cCqf]
Herbereken consensus en/of consensus kwaliteitswaarden en/of SNP feature tags.
'c' herbereken nadelen en nadelen (met IUPAC) 'C' herbereken nadelen en nadelen
(niet-IUPAC forceren) 'q' herbereken consensuskwaliteiten alleen 'f' herbereken SNP-kenmerken
Let op: alleen de laatste van cCq is relevant, f werkt als a

schakelaar en kan worden gecombineerd met cQq (bijv. "-r C -r F")

Let op: als de CAF/MAF meerdere stammen bevat, herberekening van nadelen & nadelen
kwaliteiten wordt gedwongen, jij

kan alleen maar beïnvloeden of IUPAC’s worden gebruikt of niet.

-s splits de uitvoer op in meerdere bestanden in plaats van een enkel bestand te maken

-u 'fillUp stamgenomen' Vul gaten in het genoom van één stam (N of @) met
sequentie van een consensus van andere stammen Werkt alleen met -r en -t gf of
fasta/q in FASTA/Q: opgevulde bases zijn in kleine letters in GBF: opgevulde bases zijn
in hoofdletters

-q
Definieert minimale kwaliteit die een consensusbasis van een stam moet hebben, consensusbases
daaronder staat 'N'. Standaard: 0 Alleen gebruikt bij -r en -f is caf/maf en -t is
(snel

of GBF)

-v Druk het versienummer af en sluit af

-x
Minimale contig- of leeslengte Verwijder bij het laden alle contigs/leesbewerkingen met a
lengte kleiner dan deze waarde. Standaard: 0 (=uitgeschakeld) Let op: niet toegepast op uitlezingen
in contigs!

-X
Soortgelijke -x maar is alleen van toepassing op reads en vervolgens op de geknipte lengte.

-y
Minimale gemiddelde contig-dekking Gooi tijdens het laden alle contigs met een gemiddelde weg
dekking minder dan deze waarde. Standaard: 1

-z
Minimum aantal reads in contig Verwijder tijdens het laden alle contigs met een nummer
van leest minder dan deze waarde. Standaard: 0 (=uitgeschakeld)

-l
bij uitvoer als tekst of HTML: aantal basen weergegeven in één uitlijningslijn. Standaard:
60.

-c
bij uitvoer als tekst of HTML: teken dat wordt gebruikt om eindopeningen op te vullen. Standaard: ' ' (leeg)

Aliassen: caf2html, exp2fasta, ... enz. Elke combinatie van " 2 "
kan worden gebruikt als programmanaam (ook met behulp van links), zodat convert_project automatisch wordt omgezet
sets -f en -t overeenkomstig.

Voorbeelden


convert_project source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta pruik aas

convert_project -x 2000 -y 10 bron.caf bestemming.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf bestemming

Gebruik convert_project online met behulp van onworks.net-services


Gratis servers en werkstations

Windows- en Linux-apps downloaden

Linux-commando's

Ad