Dit is het commando fastaq-filter dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fastaq_filter - Filter sequenties om er een subset van te krijgen
PRODUCTBESCHRIJVING
gebruik: fastaq_filter [opties]
Filtert een reeksbestand op reekslengte en/of op naam die overeenkomt met een reguliere expressie
positie- argumenten:
infile Naam van het te filteren invoerbestand
uitbestand
Naam van uitvoerbestand
optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af
--minimale lengte INT
Minimale lengte van te behouden reeks [0]
--maximale lengte INT
Maximale lengte van reeks om te behouden [inf]
--regex REGEX
Indien opgegeven, worden alleen reads met een naam die overeenkomt met de reguliere expressie bewaard
--ids_bestand BESTANDSNAAM
Indien opgegeven, worden alleen reads gebruikt waarvan de ID in het opgegeven bestand staat. Eén ID per regel van
bestand.
-v, --omkeren
Bewaar alleen sequenties die niet overeenkomen met de filters
Stuurman filet For dit artikel lezen paren opties:
--mate_in BESTANDSNAAM
Naam van mates invoerbestand. Indien gebruikt, moet ook worden verstrekt --maat_uit
--maat_uit BESTANDSNAAM
Naam van mates uitvoerbestand
--both_mates_pass
Standaard, als een van de partners het filter doorstaat, lezen beide de uitvoer. Gebruik deze vlag om
vereisen dat beide uitlezingen van een paar het filter passeren
Gebruik fastaq-filter online met behulp van onworks.net-services