Dit is de opdracht fdk die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fdk - cone-beam reconstructie van projecties met behulp van het FDK-algoritme
De term FDK verwijst naar de auteurs Feldkamp, Davis en Kress die het baanbrekende artikel schreven
"Practical cone-beam-algoritme" in 1984. Hun paper beschrijft een gefilterde terugprojectie
reconstructiealgoritme voor kegelstraalgeometrieën. Het fdk-programma in plastimatch is een
implementatie van het FDK-algoritme.
FDK GEBRUIK
Het fdk-programma neemt een map met 2D-projectiebeelden als invoer en genereert een enkele
3D-volume als uitvoer.
Het gebruik van de opdrachtregel is:
Gebruik: fdk [opties]
Opties:
-A hardware Ofwel "cpu" of "cuda" (standaard=cpu)
-a "num ((num) num)" Gebruik deze reeks afbeeldingen
-r "r1 r2 r3" Uitvoerresolutie instellen (in voxels)
-f filter Ofwel "none" of "ramp" (standaard=ramp)
-s schaal Schaal de intensiteit van het uitvoerbestand
-z "s1 s2 s3" Fysieke grootte van de reconstructie (in mm)
-Ik download de invoermap
-O outfile Het uitvoerbestand
Het gebruik van het fdk-programma wordt het best begrepen door samen met de tutorials te volgen:
fdk_tutorial_i en fdk_tutorial_ii.
INVOER FILES
Er worden drie verschillende formaten invoerbestanden ondersteund. Dit zijn:
· Pfm-formaat afbeeldingsbestanden met geomtry txt-bestanden
· Raw-formaat afbeeldingsbestanden met geomtry txt-bestanden
· Varian Hnd-bestanden
De pfm- en raw-bestanden zijn vergelijkbaar, in die zin dat ze de afbeelding opslaan als een array van 4-byte
little endian drijft. Het enige verschil is dat het pfm-bestand een header heeft die opslaat:
de afbeeldingsgrootte en het onbewerkte bestand niet.
Elk pfm- of onbewerkt afbeeldingsbestand moet een geometriebestand hebben in dezelfde map met de .txt
verlenging. Als u bijvoorbeeld image_0000.pfm in een reconstructie wilt gebruiken, moet u:
lever een ander bestand image_0000.txt aan dat de geometrie bevat. Een korte beschrijving van
het bestandsformaat van de geometrie wordt gegeven in proj_mat_bestandsformaat.
De volgorde van bestanden moet worden opgeslagen met het patroon:
XXXXYJJJ.ZZZ
waarbij XXXX een voorvoegsel is, YYYY een getal is en .ZZZ de extensie van een bekend type is
(ofwel .hnd, .pfm of .raw).
Het volgende zou bijvoorbeeld een goede mapindeling zijn voor pfm-bestanden:
Bestanden/image_00.pfm
Bestanden/image_00.txt
Bestanden/image_01.pfm
Bestanden/image_01.txt
etc. ..
De Varian hnd-bestanden moeten in de originele lay-out worden opgeslagen. Bijvoorbeeld:
Bestanden/ProjectionInfo.xml
Bestanden/Scan0/Proj_0000.hnd
Bestanden/Scan0/Proj_0001.hnd
etc. ..
Er zijn geen geometrie-txt-bestanden nodig om te reconstrueren vanuit het Varian hnd-formaat.
BEELD GEOMETRY
Wanneer u een DRR genereert, wordt de afbeelding standaard georiënteerd alsof de virtuele röntgenbron
een camera waren. Dat betekent dat voor een rechter laterale film de kolommen van het beeld gaan van
inf naar sup, en de rijen gaan van mier naar post. Het Varian OBI-systeem produceert HND-bestanden,
die anders georiënteerd zijn. Voor een rechter laterale film gaan de kolommen van de HND-afbeeldingen
van mier tot post, en de rijen gaan van sup naar inf. Een illustratie van dit idee wordt getoond
in onderstaande figuur.
[afbeelding] Geometrie van Varian HND-bestanden.UNINDENT
Gebruik fdk online met onworks.net-services