hhsearch - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hhsearch - doorzoek een database met HMM's met een query-uitlijning of query HMM

KORTE INHOUD

hhzoeken -i vraag -d databank [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

HHsearch versie 2.0.16 (januari 2013) Doorzoek een database met HMM's met een query-uitlijning of
vraag HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Detectie van eiwithomologie door HMM-HMM-vergelijking. Bioinformatica 21:951-960 (2005).

-i
invoer/query uitlijning van meerdere reeksen (a2m, a3m, FASTA) of HMM

-d
HMM-database van aaneengeschakelde HMM's in hhm-, HMMER- of a3m-indeling OF, als het bestand
extensie pal, lijst met HMM-bestandsnamen, één per regel. Meerdere dbs, HMM's of pal
bestanden met -d ' ...'

kan overal 'stdin' of 'stdout' zijn.

uitgang opties:
-o
schrijf resultaten in standaard formaat naar bestand (default= )

-Ofas
schrijf paarsgewijze uitlijningen van significante overeenkomsten in FASTA-formaat Analoog voor
uitvoer in a3m-, a2m- en psi-formaat (bijv -Oa3m)

-oa3m
schrijf MSA van significante overeenkomsten in a3m-formaat Analoog voor uitvoer in a2m, psi,
en hhm-formaat (bijv - ohhm)

-e [0,1]
E-waardegrens voor opname in meervoudige uitlijning (def=0.001)

-volg
max. aantal weergegeven query-/sjabloonreeksen (def=1) Pas op voor overflows! Alle
deze reeksen worden in het geheugen opgeslagen.

-nadelen toon consensussequentie als hoofdsequentie van query-MSA

-nocons
toon geen consensusreeks in uitlijningen (standaard=toon)

-genopred
toon geen voorspelde 2e structuur in uitlijningen (standaard=toon)

-knikkensp
DSSP 2ndary-structuur niet weergeven in uitlijningen (standaard=show)

-ssconf
betrouwbaarheid tonen voor voorspelde 2e structuur in uitlijningen

-p
minimale waarschijnlijkheid in samenvatting en afstemmingslijst (def=20)

-E
maximale E-waarde in samenvatting en uitlijningslijst (def=1E+06)

-Z
maximaal aantal regels in samenvatting hitlijst (def=500)

-z
minimum aantal regels in samenvatting hitlijst (def=10)

-B
maximaal aantal uitlijningen in uitlijningslijst (def=500)

-b
minimum aantal uitlijningen in uitlijningslijst (def=10)

-alwaar [40,..[
aantal kolommen per regel in uitlijningslijst (def=80)

-dbstrlen
maximale lengte van databasestring die moet worden afgedrukt in hhr-bestand

Filter query meerdere sequentie-uitlijning

-ID kaart [0,100] maximale paarsgewijze sequentie-identiteit (%) (def=90)

-verschil [0,inf[
filter MSA door de meest uiteenlopende set sequenties te selecteren, waarbij u er minstens zoveel behoudt
seqs in elk MSA-blok met een lengte van 50 (def=100)

-cov [0,100] minimale dekking met query (%) (def=0)

-goed [0,100] minimale sequentie-identiteit met query (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimale score per kolom met query (def=-20.0)

-nef [1,inf]
doeldiversiteit van uitlijning (standaard=uit)

Invoer opstelling formaat:
-M a2m gebruik A2M/A3M (standaard): hoofdletters = Match; kleine letter = Invoegen; '-' = Verwijderen; '.' =
openingen uitgelijnd met inzetstukken (kan worden weggelaten)

-M eerste
gebruik FASTA: kolommen met een residu in de 1e reeks zijn match-statussen

-M [0,100]
gebruik FASTA: kolommen met minder dan X% tussenruimten zijn overeenkomststatussen

-tags neutraliseer GEEN His-, C-myc-, FLAG-tags en trypsine-herkenningssequentie
achtergrond distributie

HMM-HMM opstelling opties:
-niet uitlijnen
lijn de weergegeven treffers NIET opnieuw uit met het MAC-algoritme (def=realign)

-mac [0,1[
posterieure waarschijnlijkheidsdrempel voor MAC-heruitlijning (def=0.350) Parametercontroles
uitlijning hebzucht: 0:global >0.1:local

-bol/-loc
gebruik globale/lokale uitlijningsmodus voor zoeken/ranken (def=local)

-alt
toon zoveel significante alternatieve uitlijningen (def=2)

-vit gebruik het Viterbi-algoritme voor zoeken/rangschikken (standaard)

-Mac gebruik Maximum Accuracy (MAC) algoritme voor zoeken/ranken

-naar voren
gebruik Voorwaartse waarschijnlijkheid om te zoeken

-excl
zoekposities uitsluiten van de uitlijning, bijv. '1-33,97-168'

-verschuiving [-1,1]
score-offset (def=-0.03)

-corr [0,1]
gewicht van de term voor paarcorrelaties (def=0.10)

-sc aminozuurscore (tja: template HMM bij kolom j) (def=1)

0 = log2 Som(tja*qia/pa) (pa: aa achtergrondfrequenties)

1 = log2 Som(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: gem. aa freqs in template)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: gem. aa freqs in query)

5 lokale correctie van de aminozuursamenstelling

-sm {0,...,4}
0: geen ss scoren 1,2: ss scoren na of tijdens uitlijning [standaard=2] 3,4: ss
scoren na of tijdens uitlijning, voorspeld versus voorspeld

-ssw [0,1] gewicht van ss-score vergeleken met kolomscore (def=0.11)

-sa [0,1] SS-substitutiematrix = (1-ssa)*I + ssa*volledige SS-substitutiematrix
[def=1.00)

kloof kosten opties:
-gap [0,inf[
Overgang pseudocount bijmenging (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Overgang pseudocount bijmenging voor open opening (standaard=0.15)

- gapen [0,1.5]
Overgang pseudocount-toevoeging voor verlengde opening (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
factor om de gap open penalty voor deletes te verhogen/verlagen (def=0.60)

-gap ]0,inf]
factor om de gap open penalty voor inserts te verhogen/verlagen (def=0.60)

-gat ]0,inf]
factor om de boete voor het verlengen van de opening voor verwijderingen te vergroten/verkleinen (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
factor om de boete voor het verlengen van de opening voor wisselplaten te vergroten/verkleinen (def=0.60)

-bijv [0,inf[ penalty (bits) voor end gaps die zijn uitgelijnd met queryresiduen (def=0.00)

-egt [0,inf[ boete (bits) voor eindopeningen uitgelijnd met sjabloonresiduen (def=0.00)

Pseudotelling (pc) opties:
-pcm {0,...,3}
positieafhankelijkheid van pc-bijmenging 'tau' (pc-modus, standaard=2) 0: geen pseudo-tellingen:
tau = 0 1: constant tau = a 2: diversiteitsafhankelijk: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: aantal effectieve seqs in lokale MSA rond kolom i)
3: pseudotellingen met constante diversiteit

-pc [0,1] algehele pseudocount-bijmenging (def=1.0)

-printplaat [1,inf[ Neff drempelwaarde voor -pcm 2 (standaard=1.5)

-pcc [0,3] extinctie-exponent c voor -pcm 2 (standaard=1.0)

Contextspecifiek pseudo-tellingen:
-geencontext
gebruik substitutiematrix in plaats van contextspecifieke pseudocounts

-context contextbestand voor het berekenen van contextspecifieke pseudocounts
(standaard=./data/context_data.lib)

-cslib
kolomstatusbestand voor snelle databasevoorfiltering (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] gewicht van centrale positie in cs pseudocount-modus (def=1.6)

-csb [0,1] gewichtsvervalparameter voor posities in cs pc-modus (def=0.9)

Overige opties:
-CPU
aantal te gebruiken CPU's (voor SMP's met gedeeld geheugen) (standaard=1)

-v
uitgebreide modus: 0: geen schermuitvoer 1: alleen waarschuwingen 2: uitgebreide

-maxres
max. aantal HMM-kolommen (def=15002)

-maximum [1,inf[ maximaal beschikbaar geheugen in GB (def=3.0)

-scores noteer scores voor alle paarsgewijze vergelijkingen om op te slaan

-kalm {0,..,3} empirische scorekalibratie van 0:query 1:template 2:both

standaard 3: op neurale netwerken gebaseerde schatting van EVD-parameters

Voorbeeld: hhzoeken -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Gebruik hhsearch online met behulp van onworks.net-services