Dit is de opdracht HPCmapper die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
HPCmapper - genereer een script om reads in kaart te brengen
KORTE INHOUD
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edubbel(.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mspoor]+ [-dalint(4)] [-graadint(25)]
ref:db|dam leest:db|dam [eerst:int[-laatste:int]]
PRODUCTBESCHRIJVING
HPCmapper schrijft een UNIX-shellscript naar de standaarduitvoer die bestaat uit een reeks van
commando's die effectief elke lezing in de DB "in kaart brengen" leest tegen een referentieset van
sequenties in de DB ref, het opnemen van alle gevonden lokale uitlijningen in de volgorde van bestanden
ref.leest.1.las, ref.leest.2.las, enzovoort, waar? ref.leest.k.las bevat de uitlijningen
tussen alle ref en het k'e blok van leest. De parameters zijn precies hetzelfde als:
For HPCdaligner(1) bewaar dat de -k, -h en -e de standaardinstellingen zijn correct ingesteld voor:
in kaart brengen, en de -A en -I opties hebben geen zin als ref en leest worden verwacht
verschillende datasets.
Als de gehele getallen eerste en laatste ontbreken, dan is het geproduceerde script voor elk blok in
de databank leest. Indien eerste is dan aanwezig HPCmapper produceert een script dat vergelijkt
blokken eerste door laatste (laatste = eerste indien niet aanwezig) tegen DAM ref.
Gebruik HPCmapper online met onworks.net-services