mia-3dfluid - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-3dfluid - Vloeiende dynamische 3D-registratie

KORTE INHOUD

mia-3dvloeistof -i -r -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-3dvloeistof Dit programma wordt gebruikt voor niet-rigide registratie op basis van vloeistofdynamica
beschreven in: Wollny, G. en Kruggel, F., 'Computationele kosten van niet-rigide registratie
algoritmen gebaseerd op vloeistofdynamica', IEEE Transactions on Medical Imaging, 11(8), blz.
946-952, 2002, doi:10.1109/TMI.2002.803113. Het gebruikt SSD als enige registratie
criterium.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-image=(invoer, vereist); io
input image Voor ondersteunde bestandstypes zie PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-image=(invoer, vereist); io
referentieafbeelding Voor ondersteunde bestandstypen zie PLUGINS:3dimage/io

-o --out-transformation=(uitvoer, vereist); io
uitgangstransformatie bestaande uit het registrerende transformatieveld For
ondersteunde bestandstypen zie PLUGINS:3dtransform/io

-d --out-image=(uitvoer); io
vervormde afbeelding opslaan Zie PLUGINS:3dimage/io voor ondersteunde bestandstypen

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

Registratie parameters
--multigrid uitschakelen
schakel de verwerking van meerdere rasters uit

--disable-fullres
schakel de verwerking van de afbeelding met volledige resolutie uit

--lambda=1
elasticiteit constante elasticiteit constante

--mu=1
elasticiteit constante elasticiteit constante

-s --start-grootte=16
aanvankelijke grootte van meerdere rasters initiële grootte van meerdere rasters

-m --methode=sora
methode voor het oplossen van PDE
sor - opeenvolgende overontspanning
sora - Gauss Southwell-relexatie

--stap=0.8
Initiële stapgrootteInitiële stapgrootte

-p --interpolator=bspline:d=3
image interpolator kernelimage interpolator kernel Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

--ontspannen=1
overrelaxatiefactor voor methode soroverrelaxatiefactor voor methode sor

--maximum=10
maximale iteratiesmaxium iteraties

--epsilon=0.01
truncatievoorwaardetruncatievoorwaarde

--kwestie=4
intensiteit waarboven echte materie wordt verondersteld (experimentele) intensiteit erboven
welke echte materie wordt verondersteld (experimenteel)

PLUG-INS: 1d/splinekernel

bsplijn B-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [0, 5]
Spline graad.

omoms OMoms-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [3, 3]
Spline graad.

PLUG-INS: 3dbeeld/io

analyseren Analyseer 7.5-afbeelding

Herkende bestandsextensies: .HDR, .hdr

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit,
drijvende komma 64 bit

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

dicom Dicom-beeldserie als 3D

Herkende bestandsextensies: .DCM, .dcm

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit

hdf5 HDF5 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .H5, .h5

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, niet ondertekend 32 bit, ondertekend 64 bit, niet ondertekend 64 bit, zwevend
punt 32 bit, drijvende komma 64 bit

inria INRIA-afbeelding

Erkende bestandsextensies: .INR, .inr

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

mhd MetaIO 3D-beeld IO met behulp van de VTK-implementatie (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

handig NIFTI-1 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .NII, .nii

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekende 32 bit, ondertekende 64 bit, niet-ondertekende 64 bit, drijvende komma 32
bit, drijvende komma 64 bit

vff VFF Zon-rasterformaat

Herkende bestandsextensies: .VFF, .vff

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit

vergezicht 3D-weergave

Erkende bestandsextensies: .V, .VISTA, .v, .vista

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

vii 3D beeld VTK-XML in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTI, .vti

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

vtk 3D VTK beeld legacy in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

PLUG-INS: 3dtransformatie/io

bbs Binaire (niet-draagbare) geserialiseerde IO van 3D-transformaties

Erkende bestandsextensies: .bbs

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

vergezicht Vista-opslag van 3D-transformaties

Erkende bestandsextensies: .v, .v3dt

xml XML geserialiseerde IO van 3D-transformaties

Erkende bestandsextensies: .x3dt

VOORBEELD

Registreer afbeelding test.v in afbeelding ref.v en schrijf het vervormingsvectorveld regfield.v.
Start de registratie op het kleinste formaat boven 16 pixels.

mia-3dfluid -i test.v -r ref.v -o regfield.v -s 16

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-3dfluid online met behulp van onworks.net-services