Dit is het commando micro_razers dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
micro_razers
KORTE INHOUD
micro_razers [OPTIES]
PRODUCTBESCHRIJVING
MicroRazerS gebruikt een op prefixen gebaseerde mappingstrategie om mogelijk kleine RNA-lezingen in kaart te brengen
die een 3'-adaptersequentie bevat.
(c) Copyright 2009 door Anne-Katrin Emde.
-h, --help
Geeft dit helpbericht weer.
--versie
Weergave versie-informatie
Hoofdopties::
-o, --uitvoer FILE
Wijzig de naam van het uitvoerbestand. Standaard: .resultaat.
-rr, --herkenningspercentage NUM
stel het percentage herkenningspercentage in binnen bereik [80..100]. Standaard: 100.
-sL, --zaadlengte NUM
zaadlengte Binnen bereik [10..inf]. Standaard: 16.
-sE, --seed-fout
laat één fout in het zaad toe
-f, --naar voren
kaart leest alleen voor voorwaartse strengen.
-r, --omgekeerde
kaart leest alleen om strengen om te keren.
-mN, --match-N
'N' komt overeen met alle andere karakters
-m, --max-hits NUM
geeft alleen NUM van de beste hits uit Binnen bereik [1..inf]. Standaard: 100.
-vader, --purge-dubbelzinnig
purge leest met meer dan max-hits beste overeenkomsten
-lm, --slecht geheugen
verminder het geheugengebruik ten koste van de runtime
-v, --uitgebreid
uitgebreide modus
-vv, --verbose
zeer uitgebreide modus
Opties voor uitvoerformaat::
-van, --uitvoer-formaat NUM
Uitvoerformaat instellen. 0 = MicroRazerS-formaat, 1 = SAM. Binnen bereik [0..1].
-a, --uitlijning
dump de uitlijning voor elke wedstrijd
-gn, --genoomnaamgeving NUM
Selecteer hoe genomen worden genoemd. 0 = gebruik Fasta-id, 1 = opsomming beginnend met 1. In
bereik [0..1]. Standaard: 0.
-rn, --leesnaamgeving NUM
Selecteer hoe leesbewerkingen worden genoemd. 0 = gebruik Fasta-id, 1 = opsomming beginnend met 1. In
bereik [0..1]. Standaard: 0.
-dus, --sorteervolgorde NUM
Selecteer hoe overeenkomsten worden gesorteerd. 0 = leesnummer, 1 = genoompositie. Binnen bereik
[0..1]. Standaard: 0.
-pf, --positie-formaat NUM
Selecteer de nummering van de begin-/eindpositie (zie het gedeelte Coördinatie hieronder). 0 = spleetruimte,
1 = positieruimte. Binnen bereik [0..1]. Standaard: 0.
VERSIE
micro_razers versie: 1.0.1 Laatste update juli 2009
Gebruik micro_razers online met behulp van onworks.net-services