Dit is de Linux-app genaamd ForceGen waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ForceGenV0.4.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer gratis online deze app genaamd ForceGen met OnWorks uit.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
ForceGen
BESCHRIJVING:
Gelieve te citeren:ForceGen: constante afleiding van atomaire covalente bindingen voor Gromacs. Nash A, Collier T, Berk HL, de Leeuw NH. Journal of Molecular Modeling (2018), (24)5. DOI: 10.1007/s00894-017-3530-6
Instructievideo:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Deze uitvoerbare Java-pot leidt tweede-orde bindingskrachtconstanten voor bindingsrek en bindingshoek af van kwantummechanische Gauss-berekeningen. De berekeningen zijn compatibel met de Amber krachtveldfamilie of elk krachtveld afgeleid van de tweede orde tensor van de Hessische uit moleculaire fragmenten. De uitvoer is compatibel gemaakt met het Gromacs-topologieformaat.
Voorbeelden van gebruik zijn de afleiding van bindingskrachtconstanten en evenwichtswaarden voor:
-gebonden metalen op eiwitactieve plaatsen
-gemodificeerde aminozuren
-kleine moleculen/geneesmiddelmoleculen
Een zip van voorbeeldbestanden kan worden gevonden door de link "Blader door alle bestanden" te volgen.
Geschreven door Dr. Anthony Nash (Oxford)
Ondersteund door Dr. Thomas Collier, Prof. Helen Birch &
Voordelen
- Bond rekkracht constante afleiding
- Bond hoek kracht constante afleiding:
- Compatibiliteit met Gromacs-topologie
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.