Dit is de Linux-app genaamd iMSAT om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als SSRs.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam iMSAT online uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
iMSAT om online in Linux te draaien
BESCHRIJVING:
iMSAT vertegenwoordigt een volledige update van het vcf2MSAT-programma. Met dit opdrachtregelpython-programma kan een gebruiker de polymorfismegegevens gebruiken die zijn gegenereerd met behulp van SAM- en BAM-tools en een .fasta-uitlijningsbestand om te zoeken naar polymorfe microsatellietmarkeringen (MSAT's of STR's). Door polymorfe makers te identificeren, in plaats van eenvoudige herhalingsregio's zoals eerdere programma's hebben gedaan, verhoogt iMSAT aanzienlijk de snelheid waarmee polymorfe MSAT's kunnen worden geïdentificeerd - waardoor onderzoekers kostbare tijd en geld besparen. Bezoek http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract voor het pdf-artikel dat het nut van iMSAT beschrijft en als u het programma gebruikt, citeer dan dit artikel als: Andersen en Mills: iMSAT: een nieuwe benadering voor de ontwikkeling van microsatellietloci met behulp van Illumina-bibliotheken met barcode. BMC Genomica 2014 15:858.Voordelen
- Polymorfe microsatellietidentificatie
- Illumina-sequentiebepaling
- Genomische analyse
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/imsat/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.