Dit is de Linux-app genaamd ISVASE waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ISVASE1.1.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd ISVASE gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
ISVASE
BESCHRIJVING:
Om correcte volwassen mRNA's te genereren, moeten de exons worden geïdentificeerd en nauwkeurig en efficiënt worden samengevoegd door middel van een RNA-splitsingsmechanisme. Opgemerkt moet worden dat ongeveer een derde of de helft van alle ziekteverwekkende mutaties RNA-splitsing bewerkstelligen. Er zijn echter weinig bioinformatica-tools om sequentievarianten die verband houden met splitsingsgebeurtenissen (SVASE) direct te identificeren op basis van RNA-seq-gegevens. We hebben ISVASE ontwikkeld, een eenvoudige en handige tool voor het direct identificeren van SVASE met behulp van RNA-seq-gegevens. In vergelijking met de bestaande software PVAAS heeft onze methode verschillende voordelen, zoals strikte regelafhankelijke filters en statistische filters in elke stap, detectiesequentievarianten voor bekende splitsingsgebeurtenissen, identificatiesequentievarianten in twee delen van splitsing (junctie) afzonderlijk, detectieknooppuntverschuiving gebeurtenissen als het verstrekken van bekende splicing-annotatie, het evalueren van het splicing-signaal, het vergelijken met bekende DNA-mutatie- en/of RNA-bewerkingsgegevens en een korte looptijd.
Voordelen
- Het is het eerste hulpmiddel om sequentievarianten te identificeren die verband houden met een splitsingsgebeurtenis voor zowel nieuwe splitsingsvarianten als bekende splitsingsvarianten.
- ISVASE identificeert eerst sequentievarianten voor elke splitsingsvariant en identificeert vervolgens sequentievarianten voor alle gerelateerde splitsingsvarianten (hetzelfde begin of einde van de verbinding) voor vergelijkingsanalyse en statistische test.
- ISVASE identificeert en beoordeelt sequentievarianten voor beide delen van de kruising afzonderlijk, waardoor het effect van sequentievarianten voor verschillende delen van de kruising verder kan worden onderscheiden.
- ISVASE past verschillende strikte regelafhankelijke filters en statistische filters toe in verschillende stappen.
- ISVASE houdt rekening met de knooppuntverschuivingsgebeurtenissen en knooppuntsignalen (5' ss en 3' ss) om de valse splitsingsvarianten te verwijderen.
- ISVASE kan door de gebruiker verstrekte DNA-mutatie- en RNA-bewerkingsgegevens gebruiken om het brontype van sequentievarianten aan te duiden.
- ISVASE verkrijgt flankerende sequentie van sequentievarianten voor het zoeken naar exonische splicing-enhancer-motieven.
- ISVASE kan het standaard sequentievariantbestand converteren naar een ANNOVAR-invoerformaatbestand voor variantannotatie.
- ISVASE gebruikt 8 figuren om de kenmerken te tonen van sequentievarianten die verband houden met splitsingsgebeurtenissen.
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/isvase/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.