Dit is de Linux-app met de naam Javamony die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Javamony.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Javamony online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
Javamony om online onder Linux te draaien
BESCHRIJVING:
Gebaseerd op het niet zo succesvolle Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), waagt dezelfde vastberaden student zich opnieuw aan het fylogenetische probleem.Javamony wordt als volgt aangeroepen:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [willekeurig / stapsgewijs (startboom)] [# bootstraps] [outgroup taxon #1] [outgroup taxon #2] ...
Javamony is niet bedoeld als een competitief fylogenetisch inferentieprogramma, maar is voor mij een kans om de Java-taal te verwerven terwijl ik fundamentele problemen in de fylogenetica leer aanpakken en oplossen. Daarom is, voor mijn eigen educatieve voordeel, alle code origineel. Natuurlijk zijn er waarschijnlijk ook veel fouten.
Ik verspreid Javamony, net als Pysimony, in de hoop dat het voor iemand anders van educatieve waarde zal zijn of op zijn minst vaag amusant zal zijn.
Aankomende functies zullen zijn:
- Ondersteuning voor aminozuursequenties
- Ondersteuning voor extra bestandsformaten (bijv. Nexus)
- Multithreading
- Aanvullende scoremethoden (bijv. maximale waarschijnlijkheid)
Voordelen
- Gebruikt maximale spaarzaamheid
- Leest een FASTA-invoerbestand (alleen DNA)
- Door de gebruiker ingestelde outgroup
- Startbomen met willekeurige en stapsgewijze optelling
- Maakt gebruik van het zoeken naar bomen met SPR (subtree pruning and regrafting).
- Voert bootstrappen uit
- Voert standaard Newick-formaat uit met bootstrap-ondersteuning en vertakkingslengtes
- Tekent de laatste boom met bootstrap-ondersteuning
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, onderwijs
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/javamony/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.