Dit is de Linux-app genaamd locusvu om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als LocusVu.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam locusvu online uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
locusvu om online in Linux te draaien
BESCHRIJVING:
LocusVu is een nieuwe op Java gebaseerde softwaretool die een lijst met genomische loci (posities op het chromosoom) als invoer accepteert en het automatisch ophalen van gerelateerde informatie (cytogenetische band, gennaam, OMIM-gegevens enz.) automatiseert uit openbare databases zoals de UCSC-genoombrowser databank. Het maakt vervolgens meerdere workflows mogelijk op de opgehaalde resultaten, zoals het vergelijken van meerdere datasets (vergelijkende genomics), het bekijken van naburige genen voor een loci vanuit de tool zelf, of het grafisch weergeven van deze resultaten in staaf-/cirkeldiagrammen. LocusVu heeft een eenvoudige, gebruiksvriendelijke GUI aan de voorkant die intuïtieve gebruikersinteractie met de onderliggende logica mogelijk maakt.De tool kan eenvoudig worden uitgebreid om ondersteuning voor andere databases toe te voegen (bijv. Ensembl) of om informatie op te halen
uit andere tabellen in de database. LocusVu biedt dus een basisraamwerk dat zowel door gebruikers als ontwikkelaars kan worden gebruikt bij het vereenvoudigen van bestaande workflows en het creëren van nieuwe workflows ter ondersteuning van gegevensanalyse in genomics.
Voordelen
- Automatiseert het ophalen van gegevens uit databases (momenteel UCSC-genoombrowserdatabase)
- Maakt workflows mogelijk op opgehaalde resultaten zoals..
- ..meerdere datasets vergelijken (comparative genomics)
- ..bekijk naburige genen voor een locus (vanuit de tool zelf)
- ..resultaten grafisch weergeven (staaf-/cirkeldiagrammen)
- Gebruiksvriendelijke GUI aan de voorkant voor intuïtief gebruik
- Loggen met Log4j voor eenvoudig debuggen
- Gemakkelijk uitbreidbaar
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, ontwikkelaars
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java
Database-omgeving
MySQL
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.