Dit is de Linux-app MAF, waarvan de nieuwste versie kan worden gedownload als MAF.zip. Deze kan online worden uitgevoerd via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik online gratis deze app met de naam MAF met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
MAF
BESCHRIJVING:
DNA- en RNA-nucleotidesequenties zijn een alomtegenwoordig element in alle biologische cellen en dienen enerzijds als een uitgebreide bibliotheek aan mogelijkheden voor de cellen en anderzijds als een indrukwekkend regulatiesysteem om cellulaire functies te controleren. Het gepresenteerde multi-alignment framework (MAF) moet onderzoekers een eenvoudig platform voor sequentie-alignment bieden als functioneel sjabloon, flexibel genoeg om alle stappen aan te passen, maar ook uitgebreid genoeg om vele verschillende tools en aangepaste parametercombinaties te combineren indien diepgaande analyse nodig of wenselijk is, bijvoorbeeld in situaties met een lage leessnelheid. Het platform stelt onderzoekers in staat om meerdere sequentie-aligners en verdere pre- en postprocessing tools in flexibele combinaties toe te passen om de subtiele tot opmerkelijke verschillen te analyseren tussen verschillende algoritmen voor sequentie-alignment en -verwerking die op dezelfde database worden toegepast.
Citeer de volgende publicatie: https://doi.org/10.3390/mps8030065
Kenmerken
- Gezamenlijke toepassing van verschillende uitlijningshulpmiddelen, geïllustreerd door bash-scripts
- Flexibele pre- en post-processing stappen, uitbreidbaar en volledig herontwerpbaar
- Bash-sjablonen die ontwikkeltijd besparen
Categorieën
Deze applicatie kan ook worden gedownload van https://sourceforge.net/projects/multialignmentframework/. Deze is gehost in OnWorks, zodat deze eenvoudig online kan worden uitgevoerd via een van onze gratis besturingssystemen.