Dit is de Linux-app genaamd ProGraphMSA waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ProGraphMSA-20130709.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd ProGraphMSA met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
ProGraphMSA
BESCHRIJVING:
ProGraphMSA is een state-of-the-art hulpmiddel voor het uitlijnen van meerdere sequenties dat fylogenetisch voelbare spleetpatronen produceert met behoud van robuustheid door alternatieve splitsingen en fouten in het vertakkingspatroon van de gidsboom toe te staan. Dit wordt bereikt door een op grafieken gebaseerde sequentierepresentatie op te nemen zoals in POA en deze te combineren met de voordelen van het fylogeniebewuste algoritme in Prank. Verder houden we rekening met variaties in het substitutiepatroon door geschatte aminozuurfrequenties te gebruiken en door contextspecifieke profielen te implementeren zoals in CS-Blast.De nieuwste versies van ProGraphMSA bevatten een uitbreiding op het uitlijningsmodel om het inbrengen en verwijderen van tandem-repeateenheden te ondersteunen.
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/prographmsa/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.