Dit is de Linux-app genaamd PTESFinder waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ptesfinder_v1.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam PTESFinder gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
PTESFinder
BESCHRIJVING:
PTESFinder is een computationele pijplijn voor het identificeren van post-transcriptionele Exon Shuffling-gebeurtenissen van high-throughput RNAseq-gegevens. PTESFinder maakt gebruik van de kracht van gevestigde RNASeq-tools en sluit systematisch alle bekende klassen van fout-positieve structuren uit door strikte filters toe te passen die zijn ontworpen om specifiek op deze fout-positieven te richten. PTESFinder vergelijkt de uitlijningskwaliteiten van reads-mapping met vermeende PTES-structuren met kwaliteiten van dezelfde reads wanneer ze worden toegewezen aan genomische regio's en canoniek gesplitste transcripten. Deze benadering vergroot het vertrouwen in PTES-ondersteunende leesbewerkingen. Lezingen die voortkomen uit gebeurtenissen waarbij van sjabloon wordt gewisseld, worden vaak gekenmerkt door grote indels wanneer ze zijn uitgelijnd met het transcriptoom. PTESFinder gebruikt aanvullende filters om uitlezingen met dubbelzinnige uitlijningen rond PTES exon-exon-knooppunten uit te sluiten, waardoor het vertrouwen in deze ondersteunende uitlezingen verder wordt vergroot. PTESFinder identificeert meer PTES-structuren dan andere gepubliceerde methoden met behoud van hoge specificiteit.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Unix-shell, Java
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.