Dit is de Linux-app genaamd RGAAT waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als RGAAT.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam RGAAT gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
RGAAAT
BESCHRIJVING:
Dit programma kan het genoom assembleren en/of annoteren voor een nieuw genoom en bekende genoomupgrade met behulp van een sequentie-uitlijningsbestand (SAM- of BAM-formaat), een sequentievariantbestand (VCF-formaat of een vijfkolomstabel (door tabs gescheiden, inclusief chromosoom, positie, id, referentie) allel en alternatief allel)) of nieuw genoomsequentiebestand (FASTA-formaat) op basis van referentiegenoomsequentiebestand (FASTA-formaat) en annotatiebestand (TBL-, GTF-, GFF-, GFF3- of BED-formaat).
Voordelen
- sequentie variatie identificatie
- genoom consensus sequentie opbouw
- genoom modificatie
- genoom vergelijking
- genoom annotatie
- het bouwen van genoomcoördinaatconversie tussen verschillende genoomassemblageversies
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.