Dit is de Windows-app met de naam NGSEP waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als NGSEPwindows_4.1.0.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app met de naam NGSEP met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCHERMSCHERMEN:
NGSEP
BESCHRIJVING:
NGSEP is een geïntegreerd raamwerk voor de analyse van DNA-sequencinggegevens met hoge doorvoer. Het belangrijkste gebruik van NGSEP is de constructie en downstream-analyse van grote datasets van genomische variatie. NGSEP voert nauwkeurige detectie en genotypering uit van Single Nucleotide Variants (SNV's), kleine en grote indels, short tandem repeats (STR's), inversies en Copy Number Variants (CNV's). NGSEP biedt ook modules voor functionele annotatie, filtering, formaatconversie, vergelijking, clustering, imputatie, introgressieanalyse en verschillende soorten statistieken. Een volledige lijst met functionaliteiten is beschikbaar in onze wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
NIEUWS: We hebben zojuist de eerste versie van onze de-novo genomes assembler beschikbaar gesteld. Verdere details zijn beschikbaar in de wiki.
Voordelen
- De-novo genomen assemblage
- Afstemming van onbewerkte uitlezingen op een referentiegenoom
- Detectie van SNP's, CNV's en structurele varianten
- VCF-manipulatie: functionele annotatie, samenvoegen, filteren, vergelijken, formaatconversie, imputatie
- Leest Demultiplexing
- Uitlijning van geannoteerde genoomassemblages
- Statistieken en filteren op transcriptoomaantekeningen in GFF3-formaat
Toehoorders
Gezondheidszorg, Wetenschap/onderzoek, Ander publiek, Landbouw
Gebruikersinterface
Java SWT, console/terminal, Eclipse
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.