Jest to polecenie create_matrix, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
create_matrix - oblicz macierz podobieństw liczebności genomu
STRESZCZENIE
utwórz_macierz [Opcje] NAZWY
OPIS
Oblicz macierz podobieństwa.
Najpierw symulowany jest zestaw odczytów dla każdego genomu referencyjnego przy użyciu symulatora odczytu z
core/tools.py określone przez -s. Po drugie, symulowane odczyty każdego gatunku są mapowane
przeciwko wszystkim genomom referencyjnym przy użyciu programu odwzorowującego określonego za pomocą -m. Po trzecie, wynikowy
Pliki SAM są analizowane w celu obliczenia macierzy podobieństwa. Macierz podobieństwa jest przechowywana
jako plik numpy (-o).
OPCJE
NAZWY Nazwa pliku nazwy pliku; plik nazw tekstowych powinien zawierać jedną nazwę na
linia. Nazwa jest używana jako identyfikator w całym algorytmie.
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-s SYMULATOR, --symulator=SYMULATOR
Identyfikator symulatora odczytu zdefiniowany w core/tools.py [domyślnie: brak]
-r REF., --referencja=REF
Wzorzec pliku sekwencji odniesienia dla symulatora odczytu. Symbol zastępczy dla nazwy to
"%S". [domyślnie: ./ref/%s.fasta]
-m MALARZ, --mapownik=MAPER
Identyfikator mapera zdefiniowany w core/tools.py [domyślnie: brak]
-i INDEKS, --indeks=INDEKS
Pliki indeksu odniesienia dla programu mapującego odczyt. Symbol zastępczy nazwy to „%s”.
[domyślnie: ./ref/%s.fasta]
-t TEMPERATURA, --temp=TEMP
Katalog do przechowywania tymczasowych symulowanych zestawów danych i plików SAM. [domyślnie: ./temp]
-o NA ZEWNĄTRZ, --wyjście=OUT
Wyjściowy plik macierzy podobieństwa. [domyślnie: ./similarity_matrix.npy]
Użyj create_matrix online, korzystając z usług onworks.net