Jest to polecenie delta-filter, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
delta-filter - odczytuje plik wyrównania delta z nucmera lub promera i filtruje
linie trasowania
STRESZCZENIE
filtr delta [opcje]
OPIS
-1 Wyrównanie 1 do 1 umożliwiające przegrupowanie (przecięcie -r i -q linie trasowania)
-g Globalne wyrównanie 1 do 1 nie pozwala na zmiany układu
-h Wyświetl informacje pomocy
-i unosić się
Ustaw minimalną tożsamość wyrównania [0, 100], domyślnie 0
-l int Ustawia minimalną długość wyrównania, domyślnie 0
-m Wyrównanie wiele do wielu umożliwiające przegrupowania (unia -r i -q linie trasowania)
-q Mapuje każdą pozycję każdego zapytania do najlepszego trafienia w odwołaniu, umożliwiając
odniesienia pokrywają się
-r Mapuje każdą pozycję każdego odniesienia do jego najlepszego trafienia w zapytaniu, umożliwiając
zapytania pokrywają się
-u float Ustaw minimalną niepowtarzalność wyrównania, tj. procent
dopasowanie dopasowania do unikalnego odniesienia ORAZ sekwencji zapytania [0, 100], domyślnie 0
-o unosić się
Ustaw maksymalne nakładanie się wyrównania dla -r i -q opcji jako procent wartości
długość wyrównania [0, 100], domyślnie 100
-v Wydrukuj odrzucone wyrównania zamiast tych, które przechodzą przez filtry
-b Powielanie map (XOR z -r i -q wyrównania, jedno lub drugie, ale nie oba)
Odczytuje plik wyrównania delta z nucmera lub promera i filtruje na tej podstawie wyrównania
na przełącznikach wiersza poleceń, pozostawiając tylko żądane wyrównania, do których są wysyłane dane wyjściowe
stdout w tym samym formacie delta co wejście. W przypadku wielu przełączników kolejność operacji
jest następujący: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Jeśli wyrównanie jest wykluczone przez poprzednik
operacji, zostanie ona zignorowana przez kolejne operacje.
Ważne rozróżnienie pomiędzy -g opcja i -1 i -m opcje to jest to -g
wymaga, aby wyrównania były wzajemnie spójne w swojej kolejności, podczas gdy -1 i -m
opcje nie muszą być wzajemnie spójne i dlatego tolerują translokacje,
inwersje itp. W ogólnych przypadkach -m opcja jest jednak najlepszym wyborem -1 może być
przydatny w zastosowaniach takich jak wyszukiwanie SNP, które wymagają mapowania 1 do 1. Wreszcie za
mapowanie kontigów zapytania lub odczytów sekwencjonowania na genom referencyjny, użyj -q,
duplikaty drukowane z -b opcja to -r i -q zestawienia, których nie ma w
wyrównanie 1 do 1. Te wyrównania są również różnicą między -1 i -m
linie trasowania
Użyj filtra delta online, korzystając z usług onworks.net