Jest to podsumowanie poleceń, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
trawienie — raporty dotyczące miejsc cięcia enzymów proteolitycznych białek lub odczynników
STRESZCZENIE
strawić -kolejne następna -mwdane plik danych - menu podstęp -mononukleoza boolean -nieuprzywilejowany boolean
-szarpany boolean -końce podstęp -zachodzić na siebie boolean -wszystkie częściowe boolean
-plik wyjściowy raport
strawić -Pomoc
OPIS
strawić to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Białko: Motywy”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-kolejne następna
-mwdane plik danych
Dane dotyczące masy cząsteczkowej aminokwasów Wartość domyślna: Emolwt.dat
Wymagane Sekcja
- menu podstęp
Wartość domyślna: 1
-mononukleoza boolean
Wartość domyślna: N
Zaawansowane Sekcja
-nieuprzywilejowany boolean
Trypsyna normalnie nie będzie ciąć po „KR”, jeśli następuje po nich którykolwiek z „KRIFLP”.
Lys-C normalnie nie będzie ciąć po „K”, jeśli następuje po nim „P”. Arg-C nie będzie
zwykle cięte po „R”, jeśli następuje po nim „P”. V8-bicarb normalnie nie będzie ciąć po
„E”, jeśli następuje po nim którykolwiek z „KREP”. V8-fosfor normalnie nie będzie ciąć po 'DE' jeśli
następuje po nich „P”. Chymotrypsyna normalnie nie będzie ciąć po „FYWLM”, jeśli tak jest
następnie „P”. Określenie nieuprzywilejowanych pokazuje te nieuprzywilejowane kawałki, jak również
faworyzowani.
-szarpany boolean
Umożliwia trawienie półspecyficzne i niespecyficzne. Ta opcja jest szczególnie przydatna
do generowania list sekwencji peptydowych do identyfikacji białek za pomocą
spekrtometria masy.
-końce podstęp
Wartość domyślna: 1
Wydajność Sekcja
-zachodzić na siebie boolean
Stosowany do częściowego trawienia. Pokazuje wszystkie cięcia z ulubionych miejsc cięć plus 1..3, 2..4,
3..5 itd. ale nie (np.) 2..5. Nakładanie się to zatem fragmenty z dokładnie jednym
potencjalne miejsce cięcia w jego obrębie.
-wszystkie częściowe boolean
Co do nakładania się, ale uwzględniono fragmenty zawierające więcej niż jedno potencjalne miejsce cięcia.
-plik wyjściowy raport
Korzystaj z Digeste online, korzystając z usług onworks.net