To jest polecenie faidx, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
faidx – Pobiera sekwencje z FASTA
STRESZCZENIE
Faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {łóżko,rozmiary chromów,nukleotyd,transpozycja}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--wersja] szybko
[regiony [regiony ...]]
OPIS
Pobierz sekwencje z FASTA. Jeśli nie określono żadnych regionów, wszystkie wpisy w pliku wejściowym są takie
zwrócony. Wejściowy plik FASTA musi być konsekwentnie zawijany wierszami, a dane wyjściowe muszą być zawijane wierszami
opiera się na długości linii wejściowych.
OPCJE
Pozycyjny argumenty
szybki plik FASTA
regiony
Oddzielone spacjami regiony sekwencji do pobrania, np. chr1:1-1000
Opcjonalnie argumenty
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-b ŁÓŻKO, --łóżko BED
plik bed regionów
-o NA ZEWNĄTRZ, --na zewnątrz OUT
nazwa pliku wyjściowego (domyślnie: stdout)
-i {łóżko, chromrozmiary, nukleotyd, transpozycja}, --przekształcać
{łóżko, chromsizes, nukleotyd, transpozycja}
przekształcić żądane regiony w inny format. domyślnie: Brak
-c, --komplement
uzupełnij sekwencję. wartość domyślna: Fałsz
-r, --odwrócić
odwrócić kolejność. wartość domyślna: Fałsz
-n, --bez-imion
pomiń nazwy sekwencji w wynikach. wartość domyślna: Fałsz
-f, --pełne nazwy
wypisz pełne nazwy wraz z opisem. wartość domyślna: Fałsz
-x, --pliki podzielone
zapisz każdy region do osobnego pliku (nazwy pochodzą od regionów)
-l, --leniwy
wypełniać --default-sekw dla brakujących zakresów. wartość domyślna: Fałsz
-s DEFAULT_SEQ, --default-sekw DEFAULT_SEQ
domyślna baza dla brakujących pozycji i maskowania. domyślnie: N
-d OGRANICZNIK, --ogranicznik OGRANICZNIK
ogranicznik do dzielenia nazw na wiele wartości (zduplikowane nazwy będą
odrzucona). domyślnie: Brak
-g REGEX, --wyrażenie regularne REGEX
wyrażenie regularne do filtrowania niepasujących nazw sekwencji. domyślny: .*
-m, --maska-z-domyślną-sekwencją
zamaskuj plik FASTA za pomocą --default-sekw wartość domyślna: Fałsz
-M, --maska według przypadku
zamaskuj plik FASTA, zmieniając go na małe litery. wartość domyślna: Fałsz
--wersja
wydrukuj numer wersji pyfaidx
Korzystaj z faidx online, korzystając z usług onworks.net