Jest to polecenie fastaq-filter, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastaq_filter - Filtruj sekwencje, aby uzyskać ich podzbiór
OPIS
użycie: fastaq_filter [opcje]
Filtruje plik sekwencji według długości sekwencji i/lub nazwy pasującej do wyrażenia regularnego
pozycyjny argumenty:
infile Nazwa pliku wejściowego do filtrowania
plik wyjściowy
Nazwa pliku wyjściowego
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
--minimalna długość INT
Minimalna długość sekwencji do zachowania [0]
--maksymalna długość INT
Maksymalna długość sekwencji do zachowania [inf]
--wyrażenie regularne REGEX
Jeśli podano, zostaną zachowane tylko odczyty o nazwie pasującej do wyrażenia regularnego
--ids_file NAZWA PLIKU
Jeśli zostanie podany, zostaną użyte tylko odczyty, których identyfikator znajduje się w podanym pliku. Jeden identyfikator na linię
plik.
-v, --odwracać
Zachowaj tylko sekwencje, które nie pasują do filtrów
mat filet dla czytać par opcje:
--mate_w NAZWA PLIKU
Nazwa pliku wejściowego wiązań. Jeśli jest używany, należy również podać --mate_out
--mate_out NAZWA PLIKU
Nazwa pliku wyjściowego wiązań
--both_mates_pass
Domyślnie, jeśli jedno z wiązań przejdzie filtr, oba odczytują dane wyjściowe. Użyj tej flagi, aby
wymagają, aby oba odczyty pary przeszły przez filtr
Korzystaj z fastaq-filter online, korzystając z usług onworks.net