To jest polecenie filterPolishes, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
sim4dbutils - narzędzia do pracy z plikami wyrównania generowanymi przez sim4db
convertPolishes - konwersja pomiędzy formatami sim4db i GFF3
filterPolishes - filtruj dopasowania w oparciu o tożsamość sekwencji, pokrycie i długość.
mergePolishes - scalaj wyrównania z wielu plików
sortPolishes - sortuj dopasowania według cDNA lub indeksu sekwencji genomowej lub nazwy sekwencji
convertToExtent - Konwertuj z formatu sim4db na format jednowierszowy rozdzielany tabulatorami
fixPolishesIID — Aktualizuje plik sim4db, aby używał indeksu sekwencji określonego pliku fasta.
Może być również użyty do wyodrębnienia podzbioru linii trasowania z pliku sim4db.
depthOfPolishes — generuje rozdzielony tabulatorami histogram głębokości polerowania przy różnych
rozmiary okien.
headPolishes - drukuj pierwsze N wyrównań w pliku, podobnie do głowa(1)
pickBestPolish - zgłaszaj tylko „najlepsze” dopasowanie dla każdego cDNA
pickUniquePolish - zgłasza wyrównania, w których istnieje jednoznaczne jedno najlepsze wyrównanie dla
każdy cDNA.
plotCoverageVsIdentity — generuje (1) histogram procentowej tożsamości, (2) a
histogram procentowego pokrycia oraz (3) listę procentowej tożsamości i pokrycia (dla
używać na wykresie punktowym).
uniqPolishes - Odfiltrowuje wszystkie dopasowania dla cDNA z wieloma dopasowaniami (-uniq) lub
z pojedynczym wyrównaniem (-dupl). Podobny do jedyny w swoim rodzaju(1)
realignPolishes - przelicz wyrównania wymienione w pliku sim4db.
reportAlignmentDifferences - generuje histogram rodzajów błędów w zbiorze
linie trasowania Nieobsługiwane i Nieaktualna
ComparePolishes - Koreluj wyrównania w dwóch plikach.
convertToAtac - Konwertuje z formatu sim4db na format ATAC.
detectChimera — sprawdza dopasowania sekwencji, które mogą być chimeryczne.
mappedCoverage — podaje ilość sekwencji zapytania (EST, cDNA), która jest objęta
linie trasowania.
parseSNP — analizuje wyrównania dla SNP.
removeDuplicate — przeszukuje dane wejściowe w poszukiwaniu zduplikowanych linii trasowania.
vennPolishes — Generuje diagram Venna dla wielu plików sim4db. Używany wewnętrznie by
ESTMapper czystePolery
podsumowaniePolerów
OPIS
Te programy to szereg narzędzi do pracy sim4db(1) wygenerowane pliki wyrównania.
Użyj filterPolishes online za pomocą usług onworks.net