gmx-cluster - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-cluster - Struktury klastrowe

STRESZCZENIE

klaster gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-dyst [<.xvg>]] [-ew [<.xvg>]] [-konw [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-kliknąłem [<.xvg>]] [-kl [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [ty ] [-[teraz]
[-xvg ] [-[nie]odległość] [-npoziomy ]
[-odciąć ] [-[Nie pasuje] [-maks. ] [-pominąć ]
[-[nie] śr] [-wc ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-metoda ] [-minstruować ] [-[nie]binarny]
[-M ] [-P ] [-nasionko ] [-saletra ]
[-nlosowo ] [-kT ] [-[nie]pbc]

OPIS

gmx grupa może grupować struktury przy użyciu kilku różnych metod. Odległości pomiędzy
Struktury można określić na podstawie trajektorii lub odczytać z .xpm plik matrix z rozszerzeniem
-dm opcja. Może wystąpić odchylenie RMS po dopasowaniu lub odchylenie RMS odległości między parami atomów
służy do określania odległości pomiędzy konstrukcjami.

pojedyncze połączenie: dodaj strukturę do klastra, gdy jego odległość do dowolnego elementu klastra
klaster jest mniejszy niż odcięcie.

Jarvis Patrick: dodaj strukturę do klastra, gdy ta struktura i struktura w
klastry mają siebie nawzajem jako sąsiadów i mają ich najmniej P wspólnych sąsiadów. The
sąsiadami konstrukcji są M najbliższe struktury lub wszystkie struktury wewnątrz odcięcie.

Monte Carlo: zmień kolejność macierzy RMSD za pomocą Monte Carlo, tak aby zachować kolejność klatek
używa najmniejszych możliwych przyrostów. Dzięki temu możliwe jest wykonanie gładkiego
animacja przechodzenia z jednej konstrukcji do drugiej z możliwie największym (np.) RMSD
między nimi, jednakże etapy pośrednie powinny być jak najmniejsze. Aplikacje
może polegać na wizualizacji potencjału zestawu średniej siły symulacji lub ciągnięcia
symulacja. Oczywiście użytkownik musi dobrze przygotować trajektorię (np
nakładanie klatek). Wynik końcowy można sprawdzić wizualnie, patrząc na matrycę
.xpm plik, który powinien płynnie zmieniać się od dołu do góry.

diagonalizacja: diagonalizacja macierzy RMSD.

gromos: użyj algorytmu opisanego w Daura et al. (Angew. Chem. Int. Wyd. 1999, 38, pp
236-240). Policz liczbę sąsiadów za pomocą odcięcia, weź strukturę z największą liczbą
sąsiadów ze wszystkimi sąsiadami jako klaster i wyeliminować go z puli klastrów.
Powtórz dla pozostałych struktur w basenie.

Kiedy algorytm grupowania przypisuje każdą strukturę do dokładnie jednego klastra (single
linkage, Jarvis Patrick i gromos) oraz dostarczony jest plik trajektorii ze strukturą
najmniejsza średnia odległość od pozostałych lub średnia konstrukcja lub wszystkie konstrukcje dla
każdy klaster zostanie zapisany w pliku trajektorii. Pisząc wszystkie struktury, rozdziel je
dla każdego klastra tworzone są ponumerowane pliki.

Zawsze zapisywane są dwa pliki wyjściowe:

· -o zapisuje wartości RMSD w lewej górnej połowie matrycy i w formie graficznej
przedstawienie klastrów w prawej dolnej połowie Kiedy -minstruować = 1 grafika
obraz jest czarny, gdy dwie struktury znajdują się w tym samym skupieniu. Gdy -minstruować > 1
dla każdego klastra zostaną użyte różne kolory.

· -g zapisuje informacje o zastosowanych opcjach oraz szczegółową listę wszystkich klastrów i
ich członkowie.

Dodatkowo można zapisać wiele opcjonalnych plików wyjściowych:

· -dyst zapisuje dystrybucję RMSD.

· -ew zapisuje wektory własne diagonalizacji macierzy RMSD.

· -sz zapisuje rozmiary klastrów.

· -tr zapisuje macierz przejść liczbowych pomiędzy parami klastrów.

· -ntr zapisuje całkowitą liczbę przejść do lub z każdego klastra.

· -kliknąłem zapisuje numer klastra w funkcji czasu.

· -kl zapisuje średnią (z opcją -z) lub centralną strukturę każdego klastra lub zapisuje
ponumerowane pliki z elementami klastra dla wybranego zestawu klastrów (z opcją -wc,
zależy -nst oraz -rmsmin). Centrum klastra to struktura z
najmniejszy średni RMSD ze wszystkich pozostałych struktur klastra.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-om [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-g [<.log>] (cluster.log)
Plik dziennika

-dyst [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ew [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-konw [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-sz [<.xvg>] (rozmiar-klauzula.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-kliknąłem [<.xvg>] (identyfikator-clust.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-kl [<.xtc/.trr/...>] (clusters.pdb) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)

ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps oraz .pdf pliki

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-[nie]odległość (Nie)
Użyj RMSD odległości zamiast odchylenia RMS

-npoziomy (40)
Dyskretyzuj macierz RMSD na tej liczbie poziomów

-odciąć (0.1)
Wartość odcięcia RMSD (nm) dla dwóch struktur sąsiadujących ze sobą

-[Nie pasuje (tak)
Przed obliczeniem RMSD zastosuj dopasowanie metodą najmniejszych kwadratów

-maks. (-1)
Maksymalny poziom w matrycy RMSD

-pominąć (1)
Analizuj tylko każdą nr-tą klatkę

-[nie] śr (Nie)
Zapisz średnią strukturę ISO dla każdego klastra

-wc (0)
Zapisz struktury dla tej liczby klastrów w ponumerowanych plikach

-nst (1)
Zapisuj wszystkie struktury tylko wtedy, gdy jest ich więcej niż ta liczba na klaster

-rmsmin (0)
minimalna różnica wartości skutecznej w stosunku do reszty klastra dla struktur zapisu

-metoda (połączenie)
Metoda wyznaczania skupień: powiązanie, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalizacja, gromos

-minstruować (1)
Minimalna liczba struktur w klastrze do kolorowania w .xpm filet

-[nie]binarny (Nie)
Traktuj macierz RMSD jako składającą się z 0 i 1, gdzie wartość odcięcia jest określona przez
-odciąć

-M (10)
Liczba najbliższych sąsiadów branych pod uwagę w algorytmie Jarvisa-Patricka, stosuje się 0
odcięcie

-P (3)
Liczba identycznych najbliższych sąsiadów wymaganych do utworzenia klastra

-nasionko (1993)
Ziarno liczb losowych dla algorytmu grupowania Monte Carlo: <= 0 oznacza generowanie

-saletra (10000)
Liczba iteracji dla MC

-nlosowo (0)
Pierwsze iteracje dla MC można wykonać całkowicie losowo, aby przetasować klatki

-kT (0.001)
Współczynnik ważenia Boltzmanna dla optymalizacji Monte Carlo (zero wyłącza pod górę
kroki)

-[nie]pbc (tak)
Kontrola PBC

Korzystaj z gmx-cluster online, korzystając z usług onworks.net