Jest to polecenie gmx-helix, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-helix - Oblicz podstawowe właściwości helis alfa
STRESZCZENIE
helisa gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-r0 ] [-[nie] q] [-[nie]F]
[-[nie] db] [-[nie]ew] [-ahxstart ] [-ahxkończ ]
OPIS
gmx helisa oblicza wszystkie rodzaje właściwości helisy. Najpierw peptyd jest sprawdzany w celu znalezienia
najdłuższa część spiralna, określona przez wiązania wodorowe i kąty phi/psi. Ten kawałek jest
dopasowany do idealnej helisy wokół z-osi i wyśrodkowany wokół początku układu współrzędnych. A później
obliczane są następujące właściwości:
· Promień helisy (plik promień.xvg). Jest to jedynie odchylenie RMS w dwóch wymiarach
dla wszystkich atomów Calpha. jest obliczany jako sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) gdzie N to
liczba atomów szkieletu. Dla idealnej helisy promień wynosi 0.23 nm.
· Twist (plik twist.xvg). Oblicza się średni kąt spirali na resztę. Na
alpha-helix to 100 stopni, dla 3-10 helis będzie mniejszy, a dla 5-helis
będzie większy.
· Wzrost na pozostałość (plik powstanie.xvg). Helikalny wzrost na pozostałość jest wykreślony jako
różnica w z-współrzędna między atomami Calpha. Dla idealnej helisy jest to 0.15 nm.
· Całkowita długość helisy (plik len-ahx.xvg). Całkowita długość helisy w nm. To jest
po prostu średni wzrost (patrz wyżej) razy liczba reszt helikalnych (patrz poniżej).
· Dipol helisy, tylko szkielet (plik dip-ahx.xvg).
· Odchylenie RMS od idealnej helisy, obliczone tylko dla atomów Calpha (plik
rms-ahx.xvg).
· Średni Calpha - kąt dwuścienny Calpha (plik phi-ahx.xvg).
· Średnie kąty phi i psi (plik phisi.xvg).
· Eliptyczność przy 222 nm według Hirsta i Brooksa.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-r0 (1)
Numer pierwszej reszty w sekwencji
-[nie] q (Nie)
Sprawdzaj na każdym kroku, która część sekwencji jest spiralna
-[nie]F (tak)
Przełącz dopasowanie do idealnej helisy
-[nie] db (Nie)
Informacje Drukuj debugowania
-[nie]ew (Nie)
Napisz nowy plik „trajektorii” dla ED
-ahxstart (0)
Pierwsza reszta w helisie
-ahxkończ (0)
Ostatnia reszta w helisie
Korzystaj z gmx-helix online, korzystając z usług onworks.net