gmx-nmeig - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-nmeig - Diagonalizacja hesjańska dla analizy trybu normalnego

STRESZCZENIE

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-z [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-kość [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[nie m] [-pierwszy ] [-ostatni ]
[-maxspec ] [-T ] [-[nie]konstr] [-szerokość ]

OPIS

gmx nmeig oblicza wektory/wartości własne macierzy (hesjańskiej), które mogą być
obliczone za pomocą gmx mdrun. Wektory własne są zapisywane do pliku trajektorii (-v).
struktura jest zapisywana najpierw z t=0. Wektory własne są zapisywane jako klatki z
numer wektora własnego jako znacznik czasu. Wektory własne można analizować za pomocą gmx anegd.
zespół struktur można wygenerować z wektorów własnych za pomocą gmx nmens. Kiedy masa
jeśli zostanie użyte ważenie, wygenerowane wektory własne zostaną przeskalowane z powrotem do zwykłego układu kartezjańskiego
współrzędne przed wygenerowaniem wyjścia. W tym przypadku nie będą już dokładnie
ortogonalne w standardowej normie kartezjańskiej, ale w normie ważonej masą byłyby.

Ten program można opcjonalnie wykorzystać do obliczenia poprawek kwantowych pojemności cieplnej i
entalpia poprzez podanie dodatkowego argumentu pliku -qkorr. Zobacz podręcznik GROMACS, rozdział 1,
dla szczegółów. Wynik obejmuje odjęcie harmonicznego stopnia swobody przy danym
temperatura. Całkowita korekta jest drukowana na ekranie terminala. Zalecany sposób
sposobu wprowadzenia poprawek jest:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -pierwszy 7 -ostatni 10000 -T 300 -qc [-konstrukcja]

-konstruuj opcja powinna być używana, gdy podczas symulacji użyto ograniczeń wiązania
dla cała kolekcja dotychczasowy kowalencyjny więzy. Jeśli tak nie jest, należy przeanalizować
kwant_corr.xvg złóż wniosek.

Aby zwiększyć elastyczność, program może również brać pod uwagę witryny wirtualne
obliczanie poprawek kwantowych. Podczas wybierania -konstruuj oraz -qcThe -zaczynać oraz -end Opcje
zostanie również ustawiony automatycznie. Ponownie, jeśli uważasz, że wiesz to lepiej, sprawdź
dotychczasowy częstotliwość własna.xvg wyjście.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.mtx>] (heski.mtx)
Hesja macierz

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-z [<.xvg>] (częstotliwość własna.xvg)
plik xvgr/xmgr

-ol [<.xvg>] (wartość własna.xvg)
plik xvgr/xmgr

-kość [<.xvg>] (widmo.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (własne.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng

Inne opcje:

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-[nie m (tak)
Podziel elementy hesjańskie przez iloczyn kwadrat(masa) zaangażowanych atomów przed
diagonalizacja. Powinno być używane do analizy „Normalnych trybów”

-pierwszy (1)
Pierwszy wektor własny do zapisania

-ostatni (50)
Ostatni wektor własny do zapisania

-maxspec (4000)
Najwyższa częstotliwość (1/cm) do rozważenia w widmie

-T (298.15)
Temperatura do obliczania pojemności cieplnej i entalpii kwantowej przy użyciu trybu normalnego
obliczenia korygujące klasyczne symulacje

-[nie]konstr (Nie)
Jeśli ograniczenia zostały użyte w symulacji, ale nie w analizie trybu normalnego
(to jest zalecany sposób wykonania tego) musisz to ustawić dla obliczeń
poprawki kwantowe.

-szerokość (1)
Szerokość (sigma) szczytów gaussowskich (1/cm) podczas generowania widma

Użyj gmx-nmeig online za pomocą usług onworks.net