To polecenie gmx-saltbr, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-saltbr - Oblicz mostki solne
STRESZCZENIE
gmx sólbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-t ] [-[nie]wrz]
OPIS
gmx sól przedstawia odległość między wszystkimi kombinacjami grup naładowanych jako funkcję
czas. Grupy są łączone na różne sposoby. Można podać minimalną odległość (tj.
odcięcia), tak że grupy, które nigdy nie znajdują się bliżej niż ta odległość, nie zostaną uwzględnione na wykresie.
Dane wyjściowe będą w postaci szeregu stałych nazw plików, min-min.xvg, plus-min.xvg oraz
plus-plus.xvglub pliki dla każdej pojedynczej pary jonów, jeśli -wrzesień opcja jest wybrana. W
w tym przypadku pliki są nazywane jako sb-(Zmień nazwę)(Resnr)-(Atomnr). Może być wiele takie pliki.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-t (1000)
Grupy, które nigdy nie są bliżej siebie niż ta odległość, nie są uwzględniane na wykresie.
-[nie]wrz (Nie)
Użyj oddzielnych plików dla każdej interakcji (może być WIELE)
Użyj gmx-saltbr online korzystając z usług onworks.net