Jest to polecenie gmx-spol, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-spol - Analizuj orientację dipola rozpuszczalnika i polaryzację wokół substancji rozpuszczonych
STRESZCZENIE
gmx spółka [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[teraz]
[-xvg ] [-[bez komentarza] [-natłuść ] [-rmin ]
[-rmaks ] [-zanurzać ] [-bw ]
OPIS
gmx płeć analizuje dipole wokół substancji rozpuszczonej; jest to szczególnie przydatne w przypadku wody polaryzacyjnej.
Grupa atomów odniesienia lub środek masy odniesienia (opcja -com) i grupa
wymagane są atomy rozpuszczalnika. Program dzieli grupę atomów rozpuszczalnika na cząsteczki.
Dla każdej cząsteczki rozpuszczalnika odległość do najbliższego atomu w grupie odniesienia lub do
COM jest ustalony. Wykreślany jest skumulowany rozkład tych odległości. Dla każdego
odległość pomiędzy -rmin i -rmaks iloczyn wewnętrzny wektora odległości i dipola
określa się cząsteczkę rozpuszczalnika. W przypadku cząsteczek rozpuszczalnika z ładunkiem netto (jony)
ładunek netto jonu jest równomiernie odejmowany od wszystkich atomów przy wyborze każdego jonu.
Drukowana jest średnia składowych dipola. To samo dotyczy polaryzacji,
gdzie średni dipol jest odejmowany od chwilowego dipola. Wielkość
średni dipol jest ustawiany za pomocą tej opcji -zanurzać, kierunek jest określony przez wektor z
pierwszy atom w wybranej grupie rozpuszczalników do punktu środkowego między drugim a
trzeci atom.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[bez komentarza (Nie)
Użyj środka masy jako pozycji odniesienia
-natłuść (1)
Atom odniesienia cząsteczki rozpuszczalnika
-rmin (0)
Maksymalna odległość (nm)
-rmaks (0.32)
Maksymalna odległość (nm)
-zanurzać (0)
Przeciętny dipol (D)
-bw (0.01)
Szerokość pojemnika
Korzystaj z gmx-spol online, korzystając z usług onworks.net