gmx-trjcat - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-trjcat - Połącz pliki trajektorii

STRESZCZENIE

gmx trjcat [-f [<.xtc/.trr/...> [...]]] [-n [<.ndx>]] [-demultipleks [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...> [...]]] [ty ] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[powieść]
[-[nie]settime] [-[nie]sortuj] [-[nie]keeplast]
[-[nie]nadpisz] [-[nie]kot]

OPIS

gmx trjcat łączy kilka plików trajektorii wejściowych w posortowanej kolejności. W przypadku podwójnego
używane są ramy czasowe z późniejszego pliku. Określając -ustaw czas będziesz pytany
dla czasu rozpoczęcia każdego pliku. Pliki wejściowe są pobierane z wiersza poleceń, na przykład
że polecenie takie jak gmx trjcat -f *.trr -o naprawiono.trr powinien załatwić sprawę. Za pomocą -kot, Ty
może po prostu wkleić kilka plików razem bez usuwania ramek o identycznym czasie
Znaczki.

Jedna ważna opcja jest wywnioskowana, gdy plik wyjściowy znajduje się wśród plików wejściowych. W tym
przypadku, gdy zostanie dołączony ten konkretny plik, co oznacza, że ​​nie musisz go przechowywać
podwoić ilość danych. Oczywiście plik do dołączenia musi być tym z najniższym
czas rozpoczęcia, ponieważ można dołączyć tylko na końcu pliku.

Jeśli -demultipleks podana jest opcja, odczytane trajektorie N są zapisywane w innym
zamówienie, jak określono w .xvg plik. The .xvg plik powinien zawierać coś takiego:

0 0 1 2 3 4 5
2 1 0 2 3 5 4

Pierwsza liczba to czas, a kolejne liczby wskazują na wskaźniki trajektorii. ten
ramki odpowiadające numerom obecnym w pierwszym wierszu są zbierane w
trajektoria wyjściowa. Jeśli liczba klatek na trajektorii nie zgadza się z liczbą w
.xvg plik następnie program stara się być sprytny. Strzec się.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...> [...]] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-demultipleks [<.xvg>] (remd.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xtc/.trr/...> [...]] (trajout.xtc)
Trajektoria: xtc tr Gro g96 pdb tng

Inne opcje:

ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-b (-1)
Pierwsze użycie (ps)

-e (-1)
Ostatni raz w użyciu (ps)

-DT (0)
Zapisuj ramkę tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)

-[powieść (tak)
Odczytuj i zapisuj prędkości, jeśli to możliwe

-[nie]settime (Nie)
Interaktywna zmiana czasu rozpoczęcia

-[nie]sortuj (tak)
Sortuj pliki trajektorii (nie ramki)

-[nie]keeplast (Nie)
Zachowaj nakładające się ramki na końcu trajektorii

-[nie]nadpisz (Nie)
Zastąp nakładające się ramki podczas dołączania

-[nie]kot (Nie)
Nie odrzucaj podwójnych ram czasowych

Korzystaj z gmx-trjcat online za pomocą usług onworks.net