hhsearch - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

hhsearch - przeszukuj bazę danych HMM z wyrównaniem zapytania lub zapytaniem HMM

STRESZCZENIE

szukaj -i pytanie -d baza danych [Opcje]

OPIS

HHsearch wersja 2.0.16 (styczeń 2013) Przeszukaj bazę danych HMM z wyrównaniem zapytania lub
zapytanie HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Wykrywanie homologii białek przez porównanie HMM-HMM. Bioinformatyka 21:951-960 (2005).

-i
wprowadź/zapytaj wyrównanie wielu sekwencji (a2m, a3m, FASTA) lub HMM

-d
Baza danych HMM połączonych HMM w formacie hhm, HMMER lub a3m, LUB, jeśli plik ma
rozszerzenie pal, lista nazw plików HMM, po jednym w wierszu. Wiele dbs, HMM lub pal
pliki z -d ' ...”

może być w całym tekście „stdin” lub „stdout”.

Wydajność opcje:
-o
zapisz wyniki w standardowym formacie do pliku (domyślnie= )

-Jako
zapisz parami dopasowania znaczących dopasowań w formacie FASTA Analogiczne dla
dane wyjściowe w formacie a3m, a2m i psi (np. -Oa3m)

-oa3m
zapisz MSA istotnych dopasowań w formacie a3m Analogiczne dla wyjścia w a2m, psi,
i format hhm (np. -ohm)

-e [0,1]
Wartość graniczna wartości E do uwzględnienia w wielokrotnym wyrównaniu (def=0.001)

-nast
max. liczba wyświetlanych sekwencji zapytań/szablonów (def=1) Uwaga na przepełnienia! Wszystko
te sekwencje są przechowywane w pamięci.

-Cons pokaż sekwencję konsensusu jako sekwencję główną zapytania MSA

-nokony
nie pokazuj sekwencji konsensusu w dopasowaniach (domyślnie=pokaż)

-nie
nie pokazuj przewidywanej 2-dniowej struktury w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

- kiwasz się
nie pokazuj drugiej struktury DSSP w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

-sskonf
pokaż ufności dla przewidywanej 2-dniowej struktury w liniach trasowania

-p
minimalne prawdopodobieństwo w podsumowaniu i liście wyrównań (def=20)

-E
maksymalna wartość E w podsumowaniu i liście wyrównań (def=1E+06)

-Z
maksymalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=500)

-z
minimalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=10)

-B
maksymalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=500)

-b
minimalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=10)

-żyje [40,..[
liczba kolumn w wierszu na liście wyrównań (def=80)

-dbstrlen
maksymalna długość łańcucha bazy danych do wydrukowania w pliku hhr

Filtruj zapytanie o wyrównanie wielu sekwencji

-ID [0,100] maksymalna identyczność sekwencji parami (%) (def=90)

-różnic [0,inf[
filtruj MSA, wybierając najbardziej zróżnicowany zestaw sekwencji, zachowując przynajmniej tyle
sekw. w każdym bloku MSA o długości 50 (def=100)

-cow [0,100] minimalne pokrycie zapytaniem (%) (def=0)

-qid [0,100] minimalna identyczność sekwencji z zapytaniem (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimalny wynik na kolumnę z zapytaniem (def=-20.0)

-nieff [1,inf]
docelowa różnorodność wyrównania (domyślnie=wył.)

Wkład wyrównanie format:
-M a2m użyj A2M/A3M (domyślnie): wielkie litery = Dopasuj; małe litery = Wstaw; '-' = Usuń; '.' =
odstępy wyrównane do wstawek (można pominąć)

-M drugim
użyj FASTA: kolumny z resztą w 1. sekwencji są stanami dopasowania

-M [0,100]
użyj FASTA: kolumny z odstępami mniejszymi niż X% są stanami dopasowania

-tagi NIE neutralizuj znaczników His-, C-myc-, FLAG- i sekwencji rozpoznawania trypsyny, aby:
dystrybucja w tle

HMM-HMM wyrównanie opcje:
-nowyrównaj
NIE wyrównuj wyświetlanych trafień za pomocą algorytmu MAC (def=realign)

-makt [0,1[
próg prawdopodobieństwa a posteriori dla ponownego wyrównania MAC (def=0.350) Kontrole parametrów
zachłanność wyrównania: 0:globalna >0.1:lokalna

-kula/-lok
użyj globalnego/lokalnego trybu wyrównania do wyszukiwania/rankingu (def=local)

-alt
pokaż do tak wielu znaczących alternatywnych wyrównań (def=2)

-wit użyj algorytmu Viterbiego do wyszukiwania/rankingu (domyślnie)

-prochowiec użyj algorytmu maksymalnej dokładności (MAC) do wyszukiwania/rankingu

-Naprzód
do wyszukiwania użyj prawdopodobieństwa w przód

-wyklucz
wykluczyć pozycje zapytania z wyrównania, np. '1-33,97-168'

-Zmiana [-1,1]
przesunięcie wyniku (def=-0.03)

-kor [0,1]
waga terminu dla korelacji par (def=0.10)

-sc wynik aminokwasowy (tja: szablon HMM w kolumnie j) (def=1)

0 = log2 Suma(tja*qia/pa) (pa: aa częstotliwości tła)

1 = log2 Suma(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta))

2 = log2 Suma(tja*qia/ta) (ta: śr. aa freqs w szablonie)

3 = log2 Suma(tja*qia/qa) (qa: śr. aa częst. w zapytaniu)

5 lokalnych korekt składu aminokwasów

-ssm {0,...,4}
0: brak punktacji ss 1,2: punktacja ss po lub podczas wyrównania [domyślnie=2] 3,4: ss
punktacja po lub w trakcie wyrównania, przewidywane vs. przewidywane

-ssw [0,1] waga wyniku ss w porównaniu do wyniku kolumny (def=0.11)

-ssa [0,1] Macierz substytucji SS = (1-ssa)*I + ssa*pełna-SS-macierz substytucji
[def=1.00)

luka koszt opcje:
-gapb [0,inf[
Domieszka pseudoliczba przejścia (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Domieszka pseudoliczba przejścia dla otwartej przerwy (domyślnie=0.15)

-rozwarcie [0,1.5]
Domieszka pseudoliczba przejścia dla przerwy rozszerzającej (def=1.00)

-przerwa ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za otwarcie przerwy w przypadku usunięcia (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za otwarcie przerwy dla wstawek (def=0.60)

-przerwa ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za wydłużenie przerwy w przypadku usunięcia (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za wydłużenie odstępu dla wstawek (def=0.60)

-np [0,inf[ kara (bity) za przerwy końcowe wyrównane do reszt zapytania (def=0.00)

-np [0,inf[ kara (bity) za przerwy końcowe wyrównane do reszt szablonu (def=0.00)

Pseudoliczba (szt.) opcje:
-szt {0,...,3}
zależność położenia domieszki pc 'tau' (tryb pc, domyślnie=2) 0: brak pseudoliczeń:
tau = 0 1: stała tau = a 2: zależna od różnorodności: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: liczba efektywnych ciągów w lokalnym MSA wokół kolumny i)
3: pseudoliczba stałej różnorodności

-szt [0,1] ogólna domieszka pseudoliczby (def=1.0)

-płytka drukowana [1,inf[ Wartość progowa Neff dla -szt 2 (def=1.5)

-szt [0,3] wykładnik ekstynkcji c dla -szt 2 (def=1.0)

Kontekstowe pseudoliczby:
-nokontxt
użyj macierzy substytucji zamiast pseudoliczeń specyficznych dla kontekstu

-kontekst plik kontekstu do obliczania pseudozliczania kontekstowego
(domyślnie=./data/context_data.lib)

-cslib
plik stanu kolumn do szybkiego wstępnego filtrowania bazy danych (domyślnie=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] waga pozycji centralnej w trybie pseudoliczenia cs (def=1.6)

-csb [0,1] parametr zaniku wagi dla pozycji w trybie cs pc (def=0.9)

Inne opcje:
-procesor
liczba procesorów do użycia (dla procesorów SMP z pamięcią współdzieloną) (domyślnie=1)

-v
tryb gadatliwy: 0: brak obrazu wyjściowego 1: tylko ostrzeżenia 2: gadatliwy

-maxres
maksymalna ilość kolumn HMM (def=15002)

-maksymalna pamięć [1,inf[ maksymalna dostępna pamięć w GB (def=3.0)

-punkty zapisz wyniki dla wszystkich porównań parami do pliku

-spokojna {0,..,3} kalibracja wyniku empirycznego 0:zapytanie 1:szablon 2:oba

domyślnie 3: estymacja parametrów EVD oparta na sieci neuronowej

Przykład: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Korzystaj z hhsearch online za pomocą usług onworks.net