Jest to polecenie mauveToXMFA, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
addUnalignedIntervals — część pakietu mauveAligner
alignProjector - część pakietu mauveAligner
backbone_global_to_local - część pakietu mauveAligner
bbAnalyze - część pakietu mauveAligner
createBackboneMFA - część pakietu mauveAligner
getAlignmentWindows - część pakietu mauveAligner
getOrthologList - część pakietu mauveAligner
makeBadgerMatrix - część pakietu mauveAligner
mauveToXMFA - część pakietu mauveAligner
mfa2xmfa - część pakietu mauveAligner
projectAndStrip - część pakietu mauveAligner
randomGeneSample - część pakietu mauveAligner
scoreAlignment - część pakietu mauveAligner
stripGapColumns - część pakietu mauveAligner
stripSubsetLCBs - część pakietu mauveAligner
toGrimmFormat - część pakietu mauveAligner
toMultiFastA - część pakietu mauveAligner
toRawSequence - część pakietu mauveAligner
uniqueMerCount - część pakietu mauveAligner
uniquifyTrees - część pakietu mauveAligner
xmfa2maf - część pakietu mauveAligner
OPIS
Narzędzia te należą do pakietu mauveAligner. Nie są one wyraźnie udokumentowane, ale
drukują linię streszczenia, która jest tutaj powtórzona.
dodajUnalignedIntervals interwał plik> <wyjście interwał plik>
wyrównanieProjektor xmfa> <wyjście xmfa> <mf nast wejście> <mf nast wyjście> <lista of
nast do włączać, startowy at 0>
szkielet_globalny_do_lokalnego <xmfa plik> <kręgosłup plik> <wyjście plik>
bbAnalize <xmfa plik> <przewodnik drzewo> <kręgosłup sekw plik> <kręgosłup col plik> <adnotacja
nast indeks> <wyjście plik>
opatrzony adnotacjami indeks sekw. zaczyna się od 0.
utwórzBackboneMFA interwał plik> <wyjście MSZ imię>
getAlignmentWindows <XMFA wyrównanie> <okno długość> <okno przesunięcie kwota> <baza wydajność
nazwa pliku>
pobierz listę ortologów pobierz listę ortologów xmfa> <kręgosłup nast plik> <odniesienie genom> <CDS
ortolog nazwa pliku> <CDS wyrównanie baza imię>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <wyjście borsuk plik> <LCB koordynować plik>
fioletowoToXMFA fioletowoToXMFA <Fioletowy Wyrównanie wejście> <XMFA wyjście>
mfa2xmfa <MSZ wyrównanie wejście> <XMFA wyrównanie wyjście> [Niewyrównany SzybkoA wyjście]
projektAndStrip xmfa> <wyjście xmfa> ...
Numeryczne identyfikatory sekwencji zaczynają się od 0.
losowa próbka genetyczna xmfa> <kręgosłup nast plik> <próbka genom> <numer of geny>
<wyjście baza imię> [losowy nasionko]
wynikWyrównanie <poprawnie wyrównanie> <obliczone wyrównanie> [wyewoluował sekwencja plik] [żużel]
stripGapColums XMFA> <wyjście XMFA>
stripSubsetLCB xmfa> bbcols> <wyjście xmfa> [min AML rozmiar] [min genomy]
[losowo podpróbka do X KB]
do GrimmFormat <Fioletowy Wyrównanie> <genom 1 chr długości>... N chr długości>
do MultiFastA interwał plik> <wyjście baza imię>
do surowej sekwencji sekwencja> <wyjście plik>
unikalnyMerCount <Posortowane Poślubić Lista>
uniquifyDrzewa <połączenie wkład plik> <połączenie wydajność plik>
Wszystkie drzewa w pliku wejściowym muszą mieć tę samą liczbę taksonów i ten sam takson
Etykiety
xmfa2maf <xmfa wejście> <maf wyjście>
Korzystaj z mauveToXMFA online za pomocą usług onworks.net