To jest polecenie NEXUSnormalizer, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, używając jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
NEXUSnormalizer - przepisuje plik NEXUS do standardowego wyjścia ze spójnym wcięciem i
składnia
OPIS
NEXUSnormalizer odczytuje plik i zapisuje go do standardu wyjściowego ze spójnością
wcięcia i składnia.
większość pospolity zwyczaj is po prostu:
NEXUSnormalizator
OPCJE
-h w wierszu poleceń wyświetla ten komunikat pomocy
-q pomijać komunikaty o stanie NCL podczas odczytu plików
-lczyta plik i traktuje każdą linię pliku jako ścieżkę do pliku NEXUS
-a wyjście AltNexus (brak tabeli translacji w drzewach)
-x NIE sprawdzaj poprawności wewnętrznych etykiet na drzewach jako etykiet taksonów
-X NIE traktuj liczb w drzewach jako numerów taksonów, traktuj je jako dowolne
etykiety (nie powinny być używane z plikami NEXUS).
-skontroluje poziom surowości NEXUS.
domyślny poziom jest równoważny -s2 wywołanie programu za pomocą -s3 lub wyższy
numer spowoduje przekształcenie niektórych ostrzeżeń w błędy krytyczne. Bieganie z -s1 spowoduje
parsera, aby akceptował niebezpieczne konstrukcje i biegał z -s0 spowoduje
parser dołoży wszelkich starań, aby zakończyć parsowanie pliku (ostrzeżenie o bardzo poważnym
błędy).
Zauważ, że kiedy -s0 poziom ścisłości jest używany, a parser nie kończy, to
często będzie wynikiem wcześniejszego błędu niż błąd zgłoszony w pliku
Ostatnia wiadomość.
-iokreśla długość przeplatanych stron do utworzenia
-fokreśla oczekiwany format pliku wejściowego:
-fnexus
NEXUS (jest to również ustawienie domyślne)
-faafasta
Dane dotyczące aminokwasów w fasta
-fdnafasta
Dane DNA w fasta
-frnafasta
Dane RNA w fasta
Pełna lista nazw formatów, które mogą następować po -f flaga to:
Nexus
dnafasta
aafasta
rnafasta
dnafilip
rnafilip
aaphylip
dyskretnyfilip
dnafilip przeplatany
rnafilip przeplatany
aaphylip przeplatany
dyskretny, przeplatany
dnarelaksowanyFilip
rnarelaksowanyFilip
zrelaksowany Filip
dyskretnie zrelaksowanyFilip
dnarelaksowanyfilipprzeplatany
rnarelaksowanyFilipprzeplatany
aarerelaksowanyFilipprzeplatany
dyskretnie zrelaksowany filipprzeplatany
dnaaln
rnnaaln
aaaln
filiptree
zrelaksowanyFiliptree
następny
dnafin
aafin
rnafin
Użyj NEXUSnormalizer online korzystając z usług onworks.net