To są populacje poleceń, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
populacje - oprogramowanie genetyczne populacyjne
STRESZCZENIE
populacje
populacje [nazwa_pliku_wejściowego] [opcja]
Możesz użyć populacje jako program wiersza poleceń (bardzo przydatny do przetwarzania wsadowego) do
wnioskować o drzewach filogenetycznych.
OPIS
populacje to oprogramowanie do genetyki populacyjnej. Oblicza odległości genetyczne pomiędzy
populacji lub jednostek. Buduje drzewa filogenetyczne (NJ lub UPGMA) za pomocą bootstrap
wartości.
ROZWIĄZANIA
· genotypy haploidów, diploidów lub poliploidów (zobacz formaty wejściowe)
· populacje strukturalne (patrz pliki wejściowe populacje strukturalne
· Brak limitu populacji, loci, alleli na loci (patrz formaty wejściowe)
· Odległości pomiędzy osobnikami (15 różnych metod)
· Odległości pomiędzy populacjami (15 metod)
· Bootstrapy na loci LUB osobnikach
· Drzewa filogenetyczne (osobniki lub populacje) przy użyciu łączenia sąsiadów lub UPGMA
(format drzewa PHYLIP)
· Różnorodność alleliczna
· Konwertuje pliki danych z Genepop do różnych formatów (Genepop, Genetix, Msat,
Populacje...)
OPCJE
-filogeneza in|pop
(domyślnie) dla drzew filogenetycznych opartych na osobnikach lub populacjach
dist metoda
(domyślnie: Nei standard, Ds) możesz wybierać spośród: DAS, Dm, Ds, Dc, Da, dmu2, Fst, Cp,
Dr, ASD, Dsw, Dr, Dru, Drw, Drl. szczegóły znajdziesz w odległościach.
-skonstruować metoda
(domyślnie: upgma) możliwości upgma lub nj (łączenie sąsiadów)
-bootstrap_ind n
liczba wskazująca liczbę bootstrapów do wykonania na poszczególnych osobach
-bootstrap_locus n
liczba wskazująca liczbę bootstrapów do wykonania w loci
.ODNOŚNIE
-wyjście nazwa_pliku_widoku_drzewa
aby wskazać nazwę pliku drzewa (format drzewa phylip)
Poziomu n
liczba , ustrukturyzowane populacje pozwalają na wybór współczynnika strukturyzującego (w pliku
przykład: poziom miasta to 1, poziom budynku to 2...).
PRZYKŁAD
populacje toutc2.txt -filogeneza muzyka pop -dyst Dm -bootstrap_locus 10000 -wyjście
toutc2_10000_Dm.tre
Polecenia można zapisywać w pliku .bat (dla DOS) lub pliku skryptowym (dla UNIX)
Korzystaj z populacji online, korzystając z usług onworks.net