pymvpa2-prep-afni-surf — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

prep_afni_surf - wstępne przetwarzanie powierzchni FreeSurfer dla AFNI/SUMA

OPIS

użycie: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]

[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {tak, nie}] -r REFDIR
[-p KROKI] [-l LD] [--overwrite] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {tak,nie}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {tak, nie}] [-f {prezent, ascii}] [-T] [-t]

Wstępne przetwarzanie anatomiczne w celu dopasowania powierzchni FreeSurfer do danych AFNI.

Zapewnia funkcjonalność:

- konwertuj powierzchnie FreeSurfer do formatu AFNI/SUMA (używając SUMA_Make_Spec_FS).

- ponowne próbkowanie powierzchni do standardowej topologii (przy użyciu MapIcosahedron) w różnych rozdzielczościach.

- generować dodatkowe powierzchnie, uśredniając istniejące.

- współrejestracja wyjścia freesurfera do objętości anatomicznej lub funkcjonalnej AFNI/SUMA (za pomocą
wyrównanie_epi_anat.py).

- uruchom @AddEdge, aby zwizualizować rejestrację podstawową.

- połącz lewą (lh) i prawą (rh) półkulę w pojedyncze pliki (mh).

- generować różne widoki napompowanych powierzchni lewo+prawo.

- generować pliki specyfikacji SUMA i skrypty powłoki see_suma*.

Ten skrypt zakłada potok przetwarzania z FreeSurfer w celu rekonstrukcji powierzchni i
AFNI/SUMA do współrejestracji i wizualizacji. W szczególności zakłada się, że powierzchnie
zostały zrekonstruowane przy użyciu recon-all firmy FreeSurfer. Więcej szczegółów można znaleźć w
dokumentacja dostępna pod adresem http://surfing.sourceforge.net

Jeśli EPI z wielu sesji są wyrównane, ten skrypt powinien używać różnych katalogów
for refdir dla każdej sesji, w przeciwnym razie mogą wystąpić konflikty nazw.

Ta funkcja nie dokonuje ponownego próbkowania ani nie przekształca żadnych danych funkcjonalnych. Zamiast tego są powierzchnie
przekształcony tak, aby był zgodny z ANATVOL lub EPIVOL.

Do typowego użycia wymaga trzech argumentów: (1) "-e epi_filename" lub "-a
anat_filename" (2) "-d freesurfer/katalog/surf" (3) "-r katalog_wyjściowy"' (*) "-T" [jeśli
„epi_filename” / „anat_filename” znajduje się w przestrzeni szablonu (MNI/Tal)”

Uwagi:

- Proszę sprawdzić wzrokowo wyrównanie.

- Pliki Nifti (.nii lub .nii.gz) są obsługiwane, ale AFNI może nie być w stanie odczytać
{S,Q}-poprawnie formuj informacje. Jeśli dane funkcjonalne zostały wstępnie przetworzone za pomocą innego programu
niż AFNI, proszę sprawdzić wizualnie wyrównanie w innym programie niż AFNI, np
MRIcron.

PRAWA AUTORSKIE

Prawa autorskie 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhofnikolaas.oosterhof@unitn.it>

fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź

-v, --wersja
pokaż numer wersji programu i wyjdź

-s IDENTYFIKATOR, --sid SID
identyfikator podmiotu używany w @SUMA_Make_Spec_FS

-d SURFDIR, --katalog surf SURFDIR
FreeSurfer surf/ katalog

-a ANATVOL, --anatvol ANATVOL
Anatomiczne, które zakłada się, że są zgodne z danymi EPI będącymi przedmiotem zainteresowania

-e EPIVOL, --epiwol EPIVOL
Interesujące dane EPI

-x EXPVOL, --obj WYKŁAD
Objętość eksperymentalna, do której dopasowuje się SurfVol

-E {tak nie}, --isepi {tak nie}
Czy objętość eksperymentalna to EPI (tak) czy anatomiczna (nie)

-r REFDIR, -o REFDIR, --refdir REFDIR
Katalog wyjściowy, w którym objętości i powierzchnie odnoszą się do ANATVOL lub
EPIVOL

-p KROKI, --kroki Etapy
Etapy przetwarzania oddzielone znakami „+”. „all” jest wartością domyślną i równoważną
do „toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespecboth+makesurfmasks”

-l LD --ld LD
MapaOddziały liniowe dwuścianu, np. 80 lub 16+96 (zarówno dla 16, jak i 96). Domyślny
is 4+8+16+32+64+128

--przepisać
Nadpisz istniejące pliki

--hemi {l,r,l+r}
Półkule do przetworzenia ([l+r])

-S {tak nie}, --expvol_ss {tak nie}
Eksperymentalna objętość paska czaszki ([tak], nie)

--aea_opts AEA_OPTS
Opcje nadane align_epi_anat ([-cmass cmass+xyz -duży_ruch])

-I, --tożsamość
Użyj transformacji tożsamości między SurfVol i anat/epivol (bez wyrównania)

-A {tak nie}, --Dodaj krawędź {tak nie}
Uruchom AddEdge na wyrównanych woluminach ([tak])

-f {prezent, ascii}, --format powierzchniowy {prezent, ascii}
Format wyjściowy powierzchni: 'ascii' (domyślnie - na razie) lub 'gifti'

-T, --szablon
Wskaż, że objętość doświadczalna (dostarczona przez „-e”, „-a” lub „-x”) jest w
miejsce na szablon. Spowoduje to dodanie „-Allineate_opts” -maxrot 10 -maxshf 10 -maxskl 1.5 ''
do --aea_opts

-t, --notatka
Wskaż, że objętość doświadczalna (dostarczona przez „-e”, „-a” lub „-x”) nie jest w
miejsce na szablon.

Ta funkcja jest *eksperymentalna*; używając --przepisać opcja może usunąć i/lub nadpisać
istniejące pliki.

Korzystaj z pymvpa2-prep-afni-surf online, korzystając z usług onworks.net