To jest polecenie pynast, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
PyNAST - dopasowanie krótkich sekwencji DNA
STRESZCZENIE
pinast [Opcje] {-ja wejście_fp -t szablon_fp}
OPIS
[] oznacza opcjonalne dane wejściowe (kolejność nieistotna) {} oznacza wymagane dane wejściowe (kolejność
nieważny)
Przykład stosowanie:
pinast -i moje_wejście.fasta -t mój_szablon.fasta
OPCJE
--wersja
pokaż numer wersji programu i wyjdź
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-t SZABLON_FP, --szablon_fp=SZABLON_FP
ścieżka do pliku wyrównania szablonu [WYMAGANE]
-i WEJŚCIE_FP, --input_fp=WEJŚCIE_FP
ścieżka do wejściowego pliku fasta [WYMAGANE]
-v, --gadatliwy
Drukuj status i inne informacje podczas wykonywania [domyślnie: Fałsz]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
minimalny procent identyczności sekwencji, aby sekwencja została uznana za dopasowaną [domyślnie: 75.0]
-l MIN_DŁUG, --min_len=MIN_DŁUG
minimalna długość sekwencji do uwzględnienia w dopasowaniu NAST [domyślnie: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METODA, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METODA
metoda przeprowadzania dopasowania parami [domyślnie: uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
ścieżka do przechowywania wynikowego pliku wyrównania [domyślnie: uzyskana z wejściowej ścieżki pliku]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
ścieżka do przechowywania pliku dziennika [domyślnie: uzyskana z wejściowej ścieżki pliku]
-f FAILURE_FP, --awaria_fp=FAILURE_FP
ścieżka do przechowywania pliku sekwencji, których nie udało się wyrównać [domyślnie: pochodzi z danych wejściowych
ścieżka pliku]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_wartość=MAX_E_VALUE
Amortyzowane. Zostanie usunięty w PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Amortyzowane. Zostanie usunięty w PyNAST 1.2
Korzystaj z programu pynast online, korzystając z usług onworks.net