velvetg_de — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

velvetg_de - konstrukcja wykresu de Bruijna, usuwanie błędów i powtarzanie rozdzielczości (przestrzeń barw
wersja)

OPIS

Użycie: katalog ./velvetg [opcje]

katalog
: nazwa katalogu roboczego

Standardowa opcje:
-cov_cutoff
: usuwanie węzłów o niskim zasięgu PO autobusie turystycznym lub pozwala systemowi to wywnioskować

(domyślnie: bez usuwania)

-ins_długość
: oczekiwana odległość między dwoma sparowanymi odczytami końcowymi (domyślnie: brak parowania odczytu)

-czytaj_trkg
: śledzenie krótkich pozycji odczytu w asemblerze (domyślnie: brak śledzenia)

-min_contig_lgth
: minimalna długość kontigu eksportowana do pliku contigs.fa (domyślnie: długość skrótu * 2)

-amos_plik
: eksport zespołu do pliku AMOS (domyślnie: brak eksportu)

-exp_cov
: oczekiwany zasięg unikalnych regionów lub pozwól systemowi to wywnioskować

(domyślnie: brak rozdzielczości odczytu długiego lub sparowanego końca)

-long_cov_cutoff : usuwanie węzłów o niskim zasięgu długich odczytów PO wycieczce
autobus

(domyślnie: bez usuwania)

Zaawansowany opcje:
-ins_długość*
: oczekiwana odległość między dwoma odczytami ze sparowanych końców w odpowiednim krótkim odczycie
zestaw danych (domyślnie: brak parowania odczytu)

-ins_długość_długość
: oczekiwana odległość między dwoma długimi odczytami ze sparowanych końców (domyślnie: brak parowania odczytu)

-ins_długość*_sd
: szacunkowe odchylenie standardowe odpowiedniego zestawu danych (domyślnie: 10% odpowiedniego
długość)

[w razie potrzeby zamień „*” na nic, „2” lub „_long”]

-rusztowanie
: rusztowanie kontigów używało informacji o sparowanych końcach (domyślnie: wł.)

-max_długość_gałęzi
: maksymalna długość bańki w parze zasad (domyślnie: 100)

-max_rozbieżność : maksymalny współczynnik rozbieżności między dwiema gałęziami w bańce
(domyślnie: 0.2)

-max_liczba_przerw
: maksymalna liczba przerw dozwolonych w wyrównaniu dwóch gałęzi bąbelka
(domyślnie: 3)

-min_liczba_par
: minimalna liczba sparowanych połączeń końcowych uzasadniająca rusztowanie dwóch długich
kontigi (domyślnie: 5)

-max_pokrycie
: usuwanie węzłów o dużym zasięgu PO autobusie turystycznym (domyślnie: brak usuwania)

-maska_pokrycia
: minimalne pokrycie wymagane dla pewnych regionów kontigów (domyślnie: 1)

-long_mult_cutoff
: minimalna liczba długich odczytów wymaganych do scalenia kontigów (domyślnie: 2)

-nieużywane_czytania
: wyeksportuj nieużywane odczyty do pliku UnusedReads.fa (domyślnie: nie)

-wyrównania
: wyeksportuj podsumowanie wyrównania kontigów do sekwencji odniesienia (domyślnie: nie)

-eksportuj filtrowane
: eksportuj długie węzły, które zostały wyeliminowane przez filtry pokrycia (domyślnie: nie)

-czysty
: usuń wszystkie pliki pośrednie, które są bezużyteczne do ponownego obliczenia (domyślnie:
nie)

-bardzo czysto
: usuń wszystkie pliki pośrednie (bez możliwości ponownego obliczenia) (domyślnie: nie)

-parowana_frakcja_wyrażenia
: usuń wszystkie sparowane połączenia końcowe, które są mniejsze niż określony ułamek
oczekiwana liczba (domyślnie: 0.1)

-shortMateSparowany*
: w przypadku bibliotek sparowanych, wskaż, że biblioteka może być zanieczyszczona
odczyty ze sparowanych końcówek (domyślnie nie)

-konserwacjaDługa
: zachowaj sekwencje z długimi odczytami (domyślnie nie)

Wyjście:
katalog/contigs.fa
: plik fasta z kontigami dłuższymi niż dwukrotna długość skrótu

katalog/stats.txt
: plik statystyk (z odstępami tabulacji) przydatny do określania odpowiedniego odcięcia pokrycia

katalog/OstatniGraf
: specjalny sformatowany plik ze wszystkimi informacjami na końcowym wykresie

katalog/velvet_asm.afg
: (na żądanie) plik złożenia zgodny z AMOS

Korzystaj z usług velvetg_de online, korzystając z usług onworks.net