To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie ArtificialFastqGenerator, której najnowszą wersję można pobrać jako ArtificialFastqGenerator_19_05_2015.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie ArtificialFastqGenerator z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Sztuczny generator Fastq
OPIS:
ArtificialFastqGenerator pobiera genom referencyjny (w formacie FASTA) jako dane wejściowe i wysyła sztuczne pliki FASTQ w formacie Sanger. Może akceptować bazowe wyniki jakości Phred z istniejących plików FASTQ i wykorzystywać je do symulacji błędów sekwencjonowania. Ponieważ sztuczne FASTQ pochodzą z genomu referencyjnego, genom referencyjny zapewnia złoty standard w zakresie wywoływania wariantów (polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) oraz insercji i delecji (indeli)). Umożliwia to ocenę potoku analizy sekwencjonowania nowej generacji (NGS), który dopasowuje odczyty do genomu referencyjnego, a następnie wywołuje warianty.Publiczność
Przemysł medyczny, nauka/badania, zaawansowani użytkownicy końcowi
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/artfastqgen/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.