Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Digital Expression w Internecie, której najnowszą wersję można pobrać jako dew_RC2.tar.bz2. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Digital Expression w Internecie za pomocą OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Cyfrowa ekspresja w sieci
OPIS:
DEW to platforma umożliwiająca użytkownikom eksplorację danych RNA-Seq. Dołączony jest internetowy graficzny interfejs użytkownika.
Analiza przebiega w następujący sposób: przeprowadza się dopasowania z przerwami i koryguje się je pod kątem długości, PCR i odchylenia fragmentów, tak aby oszacować fragment na (efektywny) kilobaz na milion odczytów (FPKM), jak również prostsze odczyty na Kb na milion odczytów ( RPKM). W przypadku zapewnienia wielu izoform i trybu „kontekstowego” poprawki obejmują algorytm maksymalizacji oczekiwań, który szacuje efektywne profile ekspresji i tworzone jest poprawione dopasowanie. Dla każdego genu dostarczonego przez użytkownika DEW oblicza statystyki opisowe pokrycia (RPKM, FKMP oraz zliczenia całkowite, średnie i mediany skorygowane), profile ekspresji (znormalizowane jako R/FPKM i obcięta średnia krotności zmiany). DEW umożliwia użytkownikom eksplorację danych poprzez udostępnianie interaktywnych wykresów.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Oparte na sieci Web
Język programowania
Perl, JavaScript, S/R
Środowisko bazy danych
SQLite
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/dew/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.