To jest aplikacja dla Linuksa o nazwie GENIE (GENe-geNe IntEraction), której najnowszą wersję można pobrać jako GENIE_src.tar. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie GENIE (GENe-geNe Interaction) z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
GENIE (interakcja gen-gen)
OPIS:
Interakcja gen-gen w badaniach asocjacji genetycznych wymaga intensywnych obliczeń, gdy zaangażowana jest duża liczba SNP. Większość najnowszych jednostek centralnych (CPU) ma wiele rdzeni, podczas gdy jednostki przetwarzania grafiki (GPU) również mają setki rdzeni i są ostatnio wykorzystywane do wdrażania szybszego oprogramowania naukowego. Jednak obecnie nie ma pakietów oprogramowania do analizy genetycznej, które pozwalałyby użytkownikom w pełni wykorzystać moc obliczeniową tych wielordzeniowych urządzeń do analizy interakcji genetycznych pod kątem cech binarnych.
Tutaj prezentujemy nowatorski pakiet oprogramowania GENIE, który wykorzystuje moc wielu rdzeni procesorów graficznych lub procesorów CPU do równoległej analizy interakcji.
Cytat: Chikkagoudar, S., Wang, K. i Li, M. (2011). GENIE: pakiet oprogramowania do analizy interakcji gen-gen w badaniach asocjacji genetycznych z wykorzystaniem wielu rdzeni GPU lub CPU. Notatki badawcze BMC, 4(1), 158.
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
C
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/gpugenie/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.