To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie PTESFinder, której najnowszą wersję można pobrać jako ptesfinder_v1.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie PTESFinder z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
PTESFinder
OPIS:
PTESFinder to potok obliczeniowy do identyfikowania post-transkrypcyjnych zdarzeń tasowania egzonów na podstawie wysokoprzepustowych danych RNAseq. PTESFinder wykorzystuje moc uznanych narzędzi RNASeq i systematycznie wyklucza wszystkie znane klasy struktur fałszywie dodatnich, stosując rygorystyczne filtry zaprojektowane specjalnie do wykrywania tych fałszywych trafień. PTESFinder porównuje właściwości wyrównania mapowania odczytów z domniemanymi strukturami PTES z właściwościami tych samych odczytów po zmapowaniu do regionów genomowych i kanonicznie splicowanych transkryptów. Takie podejście zwiększa zaufanie do odczytów wspierających PTES. Odczyty pochodzące ze zdarzeń przełączania szablonów często charakteryzują się dużymi indelami po wyrównaniu z transkryptomem. PTESFinder wykorzystuje dodatkowe filtry, aby wykluczyć odczyty z niejednoznacznymi dopasowaniami wokół połączeń ekson-ekson PTES, dodatkowo zwiększając zaufanie do tych pomocniczych odczytów. PTESFinder identyfikuje więcej struktur PTES niż inne opublikowane metody, zachowując przy tym wysoką specyficzność.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Powłoka uniksowa, Java
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.