Jest to aplikacja Windows o nazwie NGSEP, której najnowszą wersję można pobrać jako NGSEPwindows_4.1.0.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie NGSEP z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZDJĘCIA EKRANU:
NGSE
OPIS:
NGSEP to zintegrowana platforma do analizy wysokoprzepustowych danych sekwencjonowania DNA. Głównym zastosowaniem NGSEP jest konstruowanie i późniejsza analiza dużych zbiorów danych dotyczących zmienności genomowej. NGSEP przeprowadza dokładne wykrywanie i genotypowanie wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV), małych i dużych indeli, krótkich powtórzeń tandemowych (STR), inwersji i wariantów liczby kopii (CNV). NGSEP zapewnia również moduły do adnotacji funkcjonalnych, filtrowania, konwersji formatu, porównywania, grupowania, imputacji, analizy introgresji i różnych rodzajów statystyk. Pełna lista funkcji jest dostępna na naszej wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
AKTUALNOŚCI: Właśnie udostępniliśmy pierwszą wersję naszego asemblera genomów de-novo. Dalsze szczegóły są dostępne na wiki.
Korzyści
- Montaż genomów de-novo
- Dopasowanie surowych odczytów do genomu referencyjnego
- Wykrywanie SNP, CNV i wariantów strukturalnych
- Manipulacja VCF: adnotacja funkcjonalna, scalanie, filtrowanie, porównywanie, konwersja formatu, imputacja
- Czyta demultipleksowanie
- Dopasowanie opatrzonych adnotacjami zespołów genomu
- Statystyka i filtrowanie anptacji transkrypcji w formacie GFF3
Publiczność
Opieka zdrowotna, nauka/badania, inni odbiorcy, rolnictwo
Interfejs użytkownika
Java SWT, konsola/terminal, Eclipse
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.