Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie Scaffold_Builder, której najnowszą wersję można pobrać jako scaffold_builder_v2.2.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie Scaffold_Builder z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZDJĘCIA EKRANU:
Konstruktor rusztowań
OPIS:
Scaffold_builder to oprogramowanie do porządkowania kontigów generowanych przez sekwencjonowanie szkicu według sekwencji referencyjnej. Luki są wypełniane literami N, a małe nałożenia są wyrównywane za pomocą algorytmu Needlemana-Wunscha i konsensusu utworzonego za pomocą kodów IUPAC. Scaffold_builder może pomóc w składaniu i adnotacji genomów, ujawniając, czego brakuje i umożliwiając ukierunkowane sekwencjonowanie w celu uzupełnienia tych luk.c) Silva GG, Dutilh BE, Matthews TD, Elkins K, Schmieder R, Dinsdale EA, Edwards RA.
Proszę zacytować: „Łączenie montażu de novo i montażu opartego na odniesieniach z narzędziem Scaffold_builder”, Kod źródłowy dla biologii i medycyny 2013.
Korzyści
- szafot
- projekt genomu
- bioinformatyka
Interfejs użytkownika
Internetowy, wiersz poleceń
Język programowania
Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/scaffold-b/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.