Este é o comando autodock4 que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
autodock - acoplamento de ligantes químicos a receptores de proteínas
SINOPSE
autodock4 [opções]
DESCRIÇÃO
AutoDock realiza o acoplamento automatizado de compostos químicos às proteínas, ou seja, prevê
como pequenas moléculas, como substratos ou candidatos a drogas, se ligam a um receptor de 3D conhecido
estrutura.
O AutoDockSuite consiste em dois programas principais nos quais o AutoDock realiza o encaixe de
o ligante a um conjunto de grades que descrevem a proteína alvo e o AutoGrid pré-calcula
essas grades.
OPÇÕES
-p nome_do_parâmetro
-l nome_do_arquivo_de_log
-o Use o formato PDBQ antigo, cobrar q nas colunas 55-61
-k Mantenha os números dos resíduos originais
-i Ignorar verificação de cabeçalho
-t Analise o arquivo PDBQ para verificar as torções e pare.
-c < command_file Modo de comando, por arquivo
-c | control_program Modo de comando, por control_program
EXEMPLO
No Debian, o diretório / usr / share / doc / autodock oferece exemplos para executar. Mude para isso
e descompacte (como root) os arquivos de mapa compactados, em seguida, execute o AutoDock conforme mostrado
abaixo:
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
A interpretação dos resultados é auxiliada pelo conjunto AutoDockTools. Por favor, inspecione também o
tutoriais oferecidos online.
Use autodock4 online usando serviços onworks.net