Este é o comando diffseqe que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
diffseq - comparar e relatar recursos de duas sequências semelhantes
SINOPSE
difseq -uma sequência seqüência -seqüência seqüência -tamanho da palavra número inteiro
[-diferenças globais booleano] -arquivo de saída Denunciar -aoutfeat façanha -luta façanha
difseq -Socorro
DESCRIÇÃO
difseq é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Alinhamento: Diferenças".
OPÇÕES
Entrada seção
-uma sequência seqüência
-seqüência seqüência
Exigido seção
-tamanho da palavra número inteiro
As regiões semelhantes entre as duas sequências são encontradas criando uma tabela hash de
'subseqüências com tamanho de palavras. 10 é um padrão razoável. Tornando este valor maior (20?)
pode acelerar um pouco o programa, mas significa que quaisquer duas diferenças dentro
'tamanho da palavra' um do outro será agrupado como uma única região de diferença. Este valor
pode ser menor (4?) para melhorar a resolução das diferenças próximas, mas o
o programa será muito mais lento. Valor padrão: 10
Adicional seção
-diferenças globais booleano
Normalmente, este programa encontrará regiões de identidade que têm o comprimento do
tamanho de palavra especificado ou maior e, então, relatará as regiões de diferença entre
essas regiões correspondentes. Isso funciona bem e é o que a maioria das pessoas deseja, caso sejam
trabalhando com longas sequências de ácido nucleico sobrepostas. Você geralmente não está interessado
nas extremidades não sobrepostas dessas sequências. Se você tem sequências de proteínas ou
Seqüências de RNA, entretanto, você estará interessado nas diferenças nas extremidades. Isto
esta opção é definida como verdadeira, então as diferenças nas extremidades também serão relatadas.
Valor padrão: N
saída seção
-arquivo de saída Denunciar
-aoutfeat façanha
Arquivo para saída dos recursos da primeira sequência Valor padrão: $ (asequence.name) .diffgff
-luta façanha
Arquivo para saída dos recursos da segunda sequência Valor padrão: $ (bsequence.name) .diffgff
Use diffseqe online usando serviços onworks.net