Este é o comando fastaq-filter que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fastaq_filter - Filtre as sequências para obter um subconjunto delas
DESCRIÇÃO
uso: fastaq_filter [opções]
Filtra um arquivo de sequência por comprimento de sequência e / ou por nome que corresponde a uma expressão regular
posicional argumentos:
infile Nome do arquivo de entrada a ser filtrado
arquivo de saída
Nome do arquivo de saída
opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
--min_length INT
Comprimento mínimo de sequência para manter [0]
--comprimento máximo INT
Comprimento máximo da sequência a ser mantida [inf]
--regex REGEX
Se fornecido, apenas as leituras com um nome que corresponda à expressão regular serão mantidas
--ids_file NOME DO ARQUIVO
Se fornecido, apenas as leituras cujo ID está no arquivo fornecido serão usadas. Um ID por linha de
arquivo.
-v, --invertido
Mantenha apenas sequências que não correspondam aos filtros
companheiro lima para ler pares opções:
--mate_in NOME DO ARQUIVO
Nome do arquivo de entrada dos companheiros. Se usado, também deve fornecer --mate_out
--mate_out NOME DO ARQUIVO
Nome do arquivo de saída dos companheiros
--both_mates_pass
Por padrão, se um dos mate passar no filtro, ambos lêem a saída. Use esta bandeira para
requer que ambas as leituras de um par passem pelo filtro
Use o filtro fastaq online usando os serviços onworks.net