Este é o comando gmx-check que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-check - Verificar e comparar arquivos
SINOPSE
verificar gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr / .gro / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [- [não] rmsd] [-para mim ]
[-abstole ] [- [não] ab] [-laser ]
DESCRIÇÃO
gmx verificar lê uma trajetória (.tng, .trr or .xtc), um arquivo de energia (.edr) ou um arquivo de índice
(.ndx) e imprime informações úteis sobre eles.
Opção -c verifica a presença de coordenadas, velocidades e caixa no arquivo, para fechar
contatos (menores que -vdwfac e não vinculado, ou seja, não entre -bonlo e -bonhi, todos
em relação à soma dos raios de Van der Waals) e átomos fora da caixa (estes podem
ocorrem com frequência e não são problema). Se as velocidades estiverem presentes, uma temperatura estimada
ser calculado a partir deles.
Se for fornecido um arquivo de índice, seu conteúdo será resumido.
Se uma trajetória e um .tpr arquivo são fornecidos (com -s1) o programa irá verificar se
os comprimentos de ligação definidos no arquivo tpr estão de fato corretos na trajetória. Se não for você
pode ter arquivos não correspondentes devido, por exemplo, à descompactação ou devido a problemas com sites virtuais.
Com essas bandeiras, gmx verificar fornece uma verificação rápida de tais problemas.
O programa pode comparar duas entradas de execução (.tpr) arquivos quando ambos -s1 e -s2 são fornecidos.
Da mesma forma, um par de arquivos de trajetória pode ser comparado (usando o -f2 opção), ou um par de
arquivos de energia (usando o -e2 opção).
Para simulações de energia livre, a topologia de estado A e B de um arquivo de entrada de execução pode ser
comparado com opções -s1 e -ab.
No caso de o -m sinalizador é fornecido um arquivo LaTeX será escrito consistindo de um esboço
para uma seção de métodos para um artigo.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Opcional)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Opcional)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil
-c [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent
-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Arquivo de energia
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Opcional)
Arquivo de energia
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-m [<.tex>] (doc.tex) (Opcional)
Arquivo LaTeX
Outras opções:
-vdwfac (0.8).
Fração da soma dos raios VdW usados como corte de aviso
-bonlo (0.4).
Min. fratura. da soma dos raios VdW para átomos ligados
-bonhi (0.7).
Máx. fratura. da soma dos raios VdW para átomos ligados
- [não] rmsd (no)
Imprimir RMSD para x, v e f
-para mim (0.001).
Tolerância relativa para comparar valores reais definidos como 2 * (ab) / (| a | + | b |)
-abstole (0.001).
Tolerância absoluta, útil quando as somas estão próximas de zero.
- [não] ab (no)
Compare a topologia A e B de um arquivo
-laser
Último termo de energia a comparar (se não for fornecido, todos são testados). Faz sentido subir
até a pressão.
Use gmx-check online usando serviços onworks.net