gmx-energy - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-energy - Grava energias em arquivos xvg e exibe médias

SINOPSE

energia gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viola [<.xvg>]] [-pares [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-orte [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[agora] [-xvg ] [-[sem taxa]
[-fetemp ] [-zero ] [- [sem] soma] [- [não] dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [- [não] mutot] [-pular ]
[- [não] médio] [-nmol ] [- [no] fluct_props]
[- [não] driftcorr] [- [não] fluc] [- [não] orinst] [- [não] ovec]
[-acflen ] [- [não] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx energia extrai componentes de energia ou dados de restrição de distância de um arquivo de energia. o
o usuário é solicitado a selecionar interativamente os termos de energia desejados.

Média, RMSD e deriva são calculados com precisão total a partir da simulação (consulte
manual impresso). A deriva é calculada executando um ajuste de mínimos quadrados dos dados a um
linha reta. O desvio total relatado é a diferença do ajuste no primeiro e no último
apontar. Uma estimativa de erro da média é dada com base em médias de bloco em 5 blocos
usando as médias de precisão total. A estimativa de erro pode ser realizada em vários blocos
comprimentos com as opções -nbmin e -nbmax. Note que na maioria dos casos os arquivos de energia
contém médias sobre todas as etapas do MD, ou sobre muitos mais pontos do que o número de quadros em
arquivo de energia. Isso torna o gmx energia saída de estatísticas mais precisas do que .xvg
saída. Quando as médias exatas não estão presentes no arquivo de energia, as estatísticas mencionadas
acima são simplesmente sobre os valores de energia individuais por quadro.

O termo flutuação fornece o RMSD em torno do ajuste de mínimos quadrados.

Algumas propriedades dependentes da flutuação podem ser calculadas desde que os termos de energia corretos
estão selecionados, e que a opção de linha de comando -fluct_props é dada. A seguir
as propriedades serão calculadas:

┌──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────┐
│Propriedade │ Termos de energia necessários │
├────────────────────────────────────┼───────────────────────────┼──────────────────────────── ─────┤
│Capacidade de calor C_p (NPT sims): │ Entalpia, Temp │
├────────────────────────────────────┼───────────────────────────┼──────────────────────────── ─────┤
│Capacidade de calor C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────────┼───────────────────────────┼──────────────────────────── ─────┤
│ Coeficiente de expansão térmica. (NPT): │ Entalpia, Vol, Temp │
├────────────────────────────────────┼───────────────────────────┼──────────────────────────── ─────┤
│ Compressibilidade isotérmica: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────────┼───────────────────────────┼──────────────────────────── ─────┤
│ Módulo de bulk adiabático: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────────┴───────────────────────────┴──────────────────────────── ─────┘

Você sempre precisa definir o número de moléculas -nmol. Os cálculos C_p / C_v fazem não
incluir quaisquer correções para efeitos quânticos. Use o gmx dos programa se você precisar disso (e
Você faz).

Quando o -viola opção é definida, as violações médias de tempo são plotadas e a execução
a soma instantânea e a média das violações são recalculadas. Em execução adicional
distâncias médias de tempo e instantâneas entre pares selecionados podem ser plotadas com o
-pares opção.

Opções -ora, -orte, -oda, -odr e -odt são usados ​​para analisar dados de restrição de orientação.
As duas primeiras opções traçam a orientação, as três últimas os desvios do
orientações a partir dos valores experimentais. As opções que terminam em 'a' traçam o
média ao longo do tempo em função da restrição. As opções que terminam em um 't' alertam o
usuário para números de etiqueta de restrição e plota os dados em função do tempo. Opção -odr
traça o desvio RMS como uma função da restrição. Quando a corrida usou tempo ou conjunto
restrições de orientação média, opção -orinst pode ser usado para analisar o instantâneo,
não orientações e desvios com a média do conjunto, em vez do tempo e do conjunto
médias.

Opção -oten traça os valores próprios do tensor de ordem molecular para cada orientação
experimento de contenção. Com opção -ovec também os vetores próprios são plotados.

Opção -odh extrai e plota os dados de energia livre (diferenças Hamiltoianas e / ou o
Derivado hamiltoniano dhdl) do ener.edr arquivo.

Com o -taxa uma estimativa é calculada para a diferença de energia livre com um gás ideal
Estado:

Delta A = A (N, V, T) - A_idealgas (N, V, T) = kT ln ( )
Delta G = G (N, p, T) - G_idealgas (N, p, T) = kT ln ( )

onde k é a constante de Boltzmann, T é definido por -fetemp e a média está acima do conjunto
(ou tempo em uma trajetória). Observe que isso é, em princípio, correto apenas ao calcular a média
sobre todo o conjunto (Boltzmann) e usando a energia potencial. Isso também permite
uma estimativa de entropia usando:

Delta S (N, V, T) = S (N, V, T) - S_idealgas (N, V, T) = ( - Delta A) / T
Delta S (N, p, T) = S (N, p, T) - S_idealgas (N, p, T) = ( + pV - Delta G) / T

Quando um segundo arquivo de energia é especificado (-f2), uma diferença de energia livre é calculada:

dF = -kT ln ( _UMA) ,

onde E_A e E_B são as energias do primeiro e do segundo arquivos de energia, e a média
é sobre o conjunto A. A média contínua da diferença de energia livre é impressa em um
arquivo especificado por -ravg. Note que as energias devem ser calculadas a partir da mesma
trajetória.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Arquivo de energia

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Arquivo de energia

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opcional)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (energia.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-viola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-pares [<.xvg>] (pares.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-orte [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-[sem taxa (no)
Faça uma estimativa de energia grátis

-fetemp (300)
Temperatura de referência para cálculo de energia livre

-zero (0)
Subtraia uma energia de ponto zero

- [sem] soma (no)
Some os termos de energia selecionados em vez de exibi-los todos

- [não] dp (no)
Imprima energias em alta precisão

-nbmin (5)
Número mínimo de blocos para estimativa de erro

-nbmax (5)
Número máximo de blocos para estimativa de erro

- [não] mutot (no)
Calcule o momento dipolo total dos componentes

-pular (0)
Pular o número de quadros entre os pontos de dados

- [não] médio (no)
Também imprime a média exata e o rmsd armazenado nos quadros de energia (somente quando 1 termo
é requerido)

-nmol (1)
Número de moléculas em sua amostra: as energias são divididas por este número

- [no] fluct_props (no)
Propriedades de computação com base em flutuações de energia, como capacidade de calor

- [não] driftcorr (no)
Útil apenas para cálculos de propriedades de flutuação. A deriva no
os observáveis ​​serão subtraídos antes de calcular as propriedades de flutuação.

- [não] fluc (no)
Calcule a autocorrelação das flutuações de energia em vez da própria energia

- [não] orinst (no)
Analise os dados de orientação instantânea

- [não] ovec (no)
Também plote os vetores próprios com -oten

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

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