gmx-gangle - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-gangle - Calcular ângulos

SINOPSE

gangle gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-tudo [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-você ]
[-xvg ] [- [não] rmpbc] [- [não] pbc] [-sf ]
[-selrpos ] [-seltype ] [-g1 ]
[-g2 ] [-binw ] [-grupo 1 ]
[-grupo 2 ]

DESCRIÇÃO

gmx gangorra calcula diferentes tipos de ângulos entre vetores. Suporta ambos os vetores
definido por duas posições e normais de planos definidos por três posições. O eixo z ou
a normal local de uma esfera também pode ser usada como um dos vetores. Há também
opções de conveniência 'ângulo' e 'diedro' para calcular ângulos de ligação e diedros
definido por três / quatro posições.

O tipo de ângulo é especificado com -g1 e -g2. Se -g1 is ângulo or diédrico, -g2
não deve ser especificado. Nesse caso, -grupo 1 deve especificar uma ou mais seleções, e
cada um deve conter trigêmeos ou quartetos de posições que definem os ângulos a serem
calculado.

If -g1 is vetor or avião, -grupo 1 deve especificar as seleções que contêm qualquer um dos pares
(vetor) ou trigêmeos (avião) de posições. Para vetores, as posições definem os pontos finais de
o vetor, e para os planos, as três posições são usadas para calcular o normal do
plano. Em ambos os casos, -g2 especifica o outro vetor a ser usado (veja abaixo).

Com -g2 vetor or -g2 avião, -grupo 2 deve especificar outro conjunto de vetores. -grupo 1 e
-grupo 2 deve especificar o mesmo número de seleções. Também é permitido ter apenas um
seleção única para uma das opções, caso em que a mesma seleção é usada com
cada seleção no outro grupo. Da mesma forma, para cada seleção em -grupo 1,
seleção correspondente em -grupo 2 deve especificar o mesmo número de vetores ou um único
vetor. No último caso, o ângulo é calculado entre esse único vetor e cada
vetor da outra seleção.

Com -g2 esfnorma, cada seleção em -grupo 2 deve especificar uma única posição que é o
centro da esfera. O segundo vetor é calculado como o vetor do centro para
o ponto médio das posições especificadas por -grupo 1.

Com -g2 z, -grupo 2 não é necessário, e os ângulos entre os primeiros vetores e o
eixo Z positivo são calculados.

Com -g2 t0, -grupo 2 não é necessário, e os ângulos são calculados a partir dos vetores à medida que eles
estão no primeiro quadro.

Existem três opções de saída: -oav escreve um arquivo xvg com o tempo e a média
ângulo para cada quadro. -tudo escreve todos os ângulos individuais. -Oh escreve um histograma de
os ângulos. A largura do compartimento pode ser definida com -binw. Para -oav e -Oh, separado
média / histograma é calculado para cada seleção em -grupo 1.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória de entrada ou configuração única: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura de entrada: tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice extra

Opções para especificar arquivos de saída:

-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (Opcional)
Ângulos médios em função do tempo

-tudo [<.xvg>] (ângulos.xvg) (Opcional)
Todos os ângulos em função do tempo

-Oh [<.xvg>] (anghist.xvg) (Opcional)
Histograma dos ângulos

Outras opções:

-b (0).
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0).
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0).
Use apenas o quadro se t MOD dt == primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgraça)
Formatação do gráfico: nenhum, xmgrace, xmgr

- [não] rmpbc (sim)
Faça moléculas inteiras para cada quadro

- [não] pbc (sim)
Use condições de limite periódicas para cálculo de distância

-sf
Fornece seleções de arquivos

-selrpos (átomo)
Posições de referência de seleção: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
inteiros_res_com, inteiros_res_cog, inteiros_mol_com, inteiros_mol_cog, part_res_com,
parte_res_cog, parte_mol_com, parte_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltype (átomo)
Posições de saída de seleção padrão: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
inteiros_res_com, inteiros_res_cog, inteiros_mol_com, inteiros_mol_cog, part_res_com,
parte_res_cog, parte_mol_com, parte_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-g1 (ângulo)
Tipo de análise / primeiro grupo de vetor: ângulo, diedro, vetor, plano

-g2 (Nenhum)
Tipo de segundo grupo de vetor: nenhum, vetor, plano, t0, z, sphnorm

-binw (1).
Largura bin para -oh em graus

-grupo 1
Primeira análise / seleção de vetor

-grupo 2
Segunda análise / seleção de vetor

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